In base all’art. 29 dell’armistizio lungo, Mussolini, i suoi più importanti collaboratori e i criminali di guerra debbono essere consegnati alle Nazioni unite, mentre il governo italiano si impegna in una azione interna di epurazione, con il licenziamento e l’internamento del personale fascista. Le prime disposizioni in merito emanate dal governo Badoglio,  r.d.l. 29 dic. 1943, n. 29/B, Defascistizzazione delle amministrazioni statali, degli enti locali e parastatali  , affidano gli interventi di epurazione alla pubblica amministrazione e non ai partiti antifascisti e non contengono alcun riferimento ai fascisti della RSI; il decreto, non concordato con gli Alleati, viene comunque accettato ed esteso alle parti di territorio sotto controllo alleato. Con il nuovo governo Badoglio – che include anche socialisti, azionisti e comunisti – viene approvato il  r.d.l. 26 maggio 1944, n. 134, Punizione dei delitti e degli illeciti del fascismo  , che istituisce l’Alto commissariato per la punizione dei delitti e degli illeciti del fascismo, introduce la pena di morte, allarga l’area dei punibili e punisce i delitti contro “la fedeltà e l’onore militare” commessi dopo l’armistizio (8 settembre 1943). L’Alto commissariato svolge indagini e avvia procedimenti giudiziari, mentre il giudizio spetta a tribunali speciali presso le corti di appello. Dopo la liberazione di Roma (giugno 1944), con il governo Bonomi viene emanato il  d.lgs.lgt. 27 lug. 1944, n. 159, Sanzioni contro il fascismo  , con cui viene istituita – al Titolo primo - l’Alta corte di giustizia per i membri del governo fascista e per i gerarchi del partito fascista con potere di comminare l’ergastolo e la pena di morte; si stabilisce altresì che Corti di assise, Tribunali e Preture giudicano gli atti di violenza del fascismo compiuti a partire dal 1922, mentre spetta sia alla giustizia ordinaria che ai Tribunali militari la cognizione di crimini e atti di collaborazionismo compiuti dopo l’armistizio, puniti comunque in base al Codice militare di guerra. E’ previsto il ricorso a una Sezione speciale della Corte di cassazione. L’Alto commissariato, ora denominato per le sanzioni contro il fascismo, può promuovere l’azione per i delitti deferibili all’Alta corte di giustizia, presso cui svolge funzioni di pubblico ministero. All’art. 8 istituisce le Commissioni provinciali presiedute da un magistrato per provvedimenti di interdizione temporanea dai pubblici uffici o privazione dei diritti politici nei confronti di chi per motivi fascisti abbia compiuto fatti di particolare gravità contrari a norme di rettitudine o di probità politica ma tali da non configurarsi come reati. La sospensione dei diritti politici viene estesa con d.lgs.lgt. 4 gen. 1945, n. 2, a tutti coloro che abbiano ricoperto cariche direttive nel Partito nazionale fascista.
Con  d.lgs.lgt. 13 settembre 1944, n. 198  , vengono ulteriormente disciplinate l’Alta corte di giustizia e le Commissioni provinciali, di cui all’art. 8, che adottano i provvedimenti di loro competenza su richiesta dei procuratori del Regno o dell’Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo; contro i provvedimenti delle commissioni è ammesso ricorso in cassazione.
Con il  d.lgs.lgt. 10 dic. 1944, n. 419  , che modifica gli istituti dell’ammonizione e del confino, viene anche affrontato il tema delle misure di polizia per attività fasciste: il decreto introduce modifiche al Testo unico delle leggi di pubblica sicurezza del 1931 per il confino e l’ammonizione. Il confino viene mantenuto per coloro che svolgono o hanno manifestato volontà di svolgere attività rivolta a sovvertire violentemente gli ordinamenti politici, economici e sociali costituiti nello Stato o a contrastare o ostacolare l’azione dei poteri dello Stato. Viene altresì modificata la composizione delle Commissioni provinciali e della Commissione di appello per le decisioni in merito al confino e all’ammonizione.
Verso la fine del 1944 l’attività dell’Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo segna il passo e, in conseguenza di contrasti politici in seno al governo le sue funzioni vengono assunte, nel gennaio 1945, da quattro alti commissari aggiunti, sotto lo stretto controllo del presidente del consiglio. Dopo alcuni eventi gravi, come la fuga del gen. Roatta condannato dall’Alta corte di giustizia e l’assalto al Viminale, il governo cerca di imprimere maggiore impulso all’epurazione e alla punizione dei delitti fascisti: si costituisce una Commissione interministeriale, composta da Tupini, Cevolotto, Brosio e Scoccimarro, che già alla fine di aprile propone cinque provvedimenti, il più importante dei quali riguarda l’istituzione di Corti di assise straordinarie che possono operare nei territori ancora occupati dai tedeschi e in altri indicati con decreto luogotenenziale.
Debbono essere istituite in tutte le province e le preventive indagini sono affidate ai pubblici ministeri.
Le Corti di assise straordinarie vengono istituite con  d.lgs.lgt. 22 apr. 1945, n. 142  ; sono composte di un presidente e quattro giudici popolari e spetta ai Comitati di liberazione nazionale (CLN) la composizione delle liste dei giurati; sono istituite nei capoluoghi di provincia e Sezioni di esse possono giudicare in località diverse dai capoluoghi. Lo stesso decreto prevede l’istituzione di una provvisoria Sezione speciale della Corte di cassazione, con sede a Milano. Le Corti straordinarie di assise sono competenti a giudicare coloro che, dopo l’8 settembre 1943, abbiano commesso i delitti contro la fedeltà e la difesa militare dello Stato (art. 5 del decreto 159/1944) con qualunque forma di intelligenza o corrispondenza o collaborazione con i tedeschi e di aiuto o assistenza ad essi prestato. Si ritengono collaborazionisti coloro che durante la RSI abbiano rivestito: 1) cariche di ministro o sottosegretario di Stato o cariche direttive nel Partito fascista repubblicano; 2) presidenti o membri del Tribunale speciale per la difesa dello Stato o di tribunali straordinari istituiti dal governo fascista repubblicano; 3) capi di provincia o segretari o commissari federali o cariche equivalenti; 4) direttori di giornali politici; 5) ufficiali superiori in formazioni di camicie nere con funzioni politiche o militari. In caso di più gravi responsabilità le cariche di cui ai numeri 1 e 2 sono punite con pene stabilite dagli artt. 51 e 54 del codice penale militare di guerra, negli altri casi si applica l’art. 58 dello stesso codice.
Decorsi sei mesi dall’entrata in vigore del decreto istitutivo le Corti di assise straordinarie e loro Sezioni e la Sezione speciale di corte di cassazione cesseranno e le loro funzioni dovranno passare agli organi giudiziari ordinari.
Parallelamente, con  d.lgs.lgt. 26 apr. 1945, n. 195  , vengono stabilite le sanzioni penali per l’attività fascista nell’Italia liberata e con  d.lgs.lgt. 26 apr. 1945, n. 149  , relativo alle sanzioni a carico di fascisti particolarmente pericolosi, si stabilisce l’interdizione temporanea dai pubblici uffici o la privazione dei diritti politici per coloro che, per motivi fascisti o avvalendosi della situazione creata dal fascismo, abbiano compiuto fatti di particolare gravità che, non configurandosi come reati, siano contrari a norme di rettitudine e di probità politica. Tali sanzioni sono applicate da Commissioni provinciali presiedute da un magistrato e composte di due membri scelti dal primo presidente della Corte di appello tra i giudici popolari di cui all’art. 4 del decreto 159/1944. Contro la decisione di primo grado si può opporre ricorso a una Commissione centrale presieduta da un magistrato e composta di 4 membri nominati a norma dell’art. 3 del decreto 2/1945. Coloro che abbiano tenuto una condotta ispirata ai metodi o al malcostume del fascismo o che continuino in tale condotta, risultando pericolosi per l’esercizio delle libertà democratiche, possono essere sottoposti a misure di sicurezza quali l’invio a colonia agricola, a casa di lavoro o al confino di polizia: operano in merito le Commissioni provinciali di cui all’art. 166 del Testo unico delle leggi di pubblica sicurezza del 1931, modificato dall’art. 2 del citato d.lgs.lgt. 10 dic. 1944, n. 419; contro le ordinanze di queste Commissioni provinciali è previsto appello nei termini dell’art. 184 modificato dall’art. 2 dello stesso decreto 419/1944.
Il  d.lgs.lgt. 3 maggio 1945, n. 196  , attribuisce all’Alto commissariato per le sanzioni contro il fascismo la facoltà di impugnare le sentenze emanate nella materia dei delitti fascisti per alcuni dei delitti previsti dal decreto 159/1944: tale facoltà è esclusa per i procedimenti previsti dal decreto 142/1945 istitutivo delle Corti straordinarie di assise per i reati di collaborazionismo.
Con  d.lgs.lgt. 2 ago. 1945, n. 466  , le Corti straordinarie di assise estendono le loro competenze ai reati commessi da militari che, in base alle leggi vigenti, spettano ai Tribunali militari.

Il  d.lgs.lgt. 5 ott. 1945, n. 625  , che modifica ulteriormente le norme sulle sanzioni contro il fascismo, unifica su tutto il territorio dello Stato organi e procedure per la repressione dei delitti previsti dai decreti 159/1944, 142/1945 e 195/1945. Per quanto attiene ai “delitti contro la fedeltà e la difesa militare dello Stato” e a ogni forma di collaborazionismo, il decreto 625/1945 sopprime le Corti di assise straordinarie, mentre vengono create Sezioni speciali di corte di assise che assumono, tra l’altro, anche competenze già spettanti all’Alta corte di giustizia, alle Corti di assise ordinarie e ai Tribunali militari, ai quali tuttavia risulta ora obbligatorio l’invio dei processi nei casi in cui ne ricorrano gli estremi. L’Alta corte di giustizia mantiene solo le funzioni per i giudizi di decadenza dei senatori, mentre le Sezioni speciali di corte di assise, istituite in ciascun capoluogo di provincia, sono competenti per i delitti di cui ai decreti 159/1944, 142/1945 e 195/1945, salvo quelli di competenza dei Tribunali militari o dei pretori. Presso le Sezioni speciali di corte di assise è istituito un ufficio di pubblico ministero. E’ possibile l’istituzione di altre Sezioni speciali di corte di assise. Le competenze della Sezione speciale della Corte di cassazione in Milano, soppressa con lo stesso decreto, passano alla Corte suprema di cassazione, in Roma, che viene ad assumere un atteggiamento sempre più indulgete, rinviando spesso i processi in sedi diverse, con iter giudiziari molto complessi.
In base all’art. 14 dello stesso decreto 625/1945 è assegnato all’ufficio del pubblico ministero delle Sezioni speciali delle corti di assise il coordinamento e la vigilanza dell’applicazione delle sanzioni a carico di fascisti politicamente pericolosi e, pertanto, le Commissioni provinciali di cui agli artt. 2 e 3 del d.lgs.lgt. 26 apr. 1945, n. 149, decidono d’ufficio o su denuncia dell’ufficio di pubblico ministero delle Sezioni speciali delle corti di assise o del procuratore del Regno o, infine, degli organi di polizia; hanno inoltre il potere di ordinare l’arresto immediato che spetta anche all’ufficio del pubblico ministero delle Sezioni speciali delle corti di assise o al questore. Debbono essere denunciati alle Commissioni provinciali per l’applicazione delle sanzioni previste coloro che comunque abbiano fatto parte delle “brigate nere”, salvo i casi in cui risultino imputabili di reati penali.
Con il  d.lg.lgt. 12 apr. 1946, n. 201  , che approva il  Testo delle disposizioni per la punizione dei delitti fascisti e per la repressione di alcune attività fasciste  , vengono riformulate le norme precedenti e introdotte alcune modifiche. Per le Sezioni speciali di corte di assise viene stabilito l’allargamento a cinque dei giudici popolari (art. 4) e la formazione di nuovi elenchi in base a diverse procedure.
Dopo l’emergenza, l’ordinamento della Corte di assise viene riformato con  r.d.lgt. 31 mag. 1946, n. 560  : in ogni distretto di Corte di appello sono istituite una o più Corti di assise che costituiscono sezioni di Corte di appello; in uno stesso circolo possono essere istituite più Corti di assise. La corte è composta da un presidente di sezione di Corte d’appello e di 10 giurati. Il decreto stabilisce i requisiti per l’assunzione all’ufficio di giurato ed enumera le incompatibilità e le norme per la compilazione degli elenchi dei giurati e per l’estrazione. Pubblico ministero e imputato hanno facoltà di ricusazione dei giurati. La legge stabilisce anche le possibili sanzioni a carico dei giurati.
Per quanto riguarda la distribuzione sul territorio, sarà poi il d.c.p.s. 4 dic. 1946, n. 580, che con articolo unico ripristinerà la sede e la circoscrizione delle corti stabilite dal r.d. 30 gen. 1941, n. 12, all’allegato D e successive modificazioni.
A seguito dell’amnistia di Togliatti,  decreto 22 giugno 1946, n. 4  , l’attività delle corti tende a ridursi. L’amnistia prevede il condono o la commutazione della pena per reati comuni punibili fino a cinque anni e per reati politici, compresi quelli di collaborazionismo col nemico, e per i reati commessi nel Regno del Sud dopo l’8 settembre 1943 e dopo l’inizio dell’occupazione militare alleata; include anche reati previsti dal decreto 159/1944 e dal decreto 142/1945. Lo scopo dell’amnistia è di arrivare ad una pacificazione nazionale dopo gli anni di guerra civile e le violenze dell’immediato dopoguerra. In considerazione di un’amnistia così ampia, lo stesso ministro di grazia e giustizia, che nera promotore, emana la circolare n. 9796/110 che raccomanda interpretazioni restrittive nell’applicazione concreta. Con  d.l.c.p.s. 3 ott. 1946, n. 194  , che proroga alcuni provvedimenti in materia di sanzioni contro il fascismo, viene prorogato il funzionamento delle Sezioni speciali delle corti d’assise al 31 marzo 1947. Ulteriore proroga al 30 giugno 1947 viene sancita con  d.lg.c.p.s. 18 mar. 1947, n. 140  .
Con  d.l.c.p.s. 26 giu. 1947, n. 529  , vengono soppresse le singole Sezioni speciali di corte di assise che abbiano esaurito la trattazione dei procedimenti. Nei casi in cui sia stata richiesta la citazione al giudizio o pronunciata sentenza di rinvio a giudizio davanti alla Sezione speciale, le corti continuano a funzionare anche oltre il 30 giugno ma non oltre il 31 dicembre 1947. I procedimenti ancora in corso per i quali non si sia avuta alla data del 30 giugno 1947 né citazione né sentenza di rinvio al giudizio delle sezioni speciali, si svolgeranno secondo le norme ordinarie. Anche nei casi di annullamento con rinvio alle sezioni speciali pronunciato dopo il 30 giugno 1947, la Suprema corte di cassazione rimetterà gli atti alle sezioni di Assise ordinarie.
Il  d.lg.c.p.s. 23 dic. 1947, n. 1463  , tuttavia, detta ancora norme sulla competenza e funzionamento delle Sezioni speciali di corte d’assise, stabilendo che i procedimenti di competenza delle Sezioni speciali di corte di assise per i quali al 31 dicembre 1947 sia iniziato il dibattimento, continuano a svolgersi innanzi alle stesse Sezioni speciali. Queste mantengono la loro competenza anche dopo il 31 dicembre 1947 per i procedimenti per i quali sia stata fissata l’udienza di trattazione prima di questa data, a causa del rinvio. Per le sezioni che avessero esaurito la trattazione dei procedimenti è confermata la soppressione.