La tariffa doganale del Regno di Sardegna, approvata il 9 luglio 1859, viene estesa alle province italiane via via annesse e diventa, con la proclamazione del regno d’Italia, la prima tariffa doganale italiana.
Contestualmente all’unificazione doganale si rende necessario dare unità legislativa ed organizzativa alla nuova amministrazione. Le dogane sono una branca della più ampia Direzione delle gabelle e delle privative, che comprende anche le amministrazioni dei dazi di consumo, delle imposte di produzione, delle privative (tabacchi e saline), nonché il Corpo delle guardie doganali .
Il  r.d. 11 set. 1862, n. 867  , che approva un nuovo regolamento doganale, stabilisce che le dogane si dividano in:
- dogane di 1° ordine, che hanno facoltà di intervenire in tutte le operazioni doganali;
- dogane di 2° ordine, che hanno dei limiti di intervento.
Le dogane di 1° e 2° ordine sono al loro volta suddivise in 4 classi, secondo l’importanza delle operazioni svolte.
Per quanto riguarda la strutturazione delle circoscrizioni e la loro competenza territoriale, il  r.d. 9 ott. 1862, n. 888  , relativo all’organizzazione delle Direzioni, Ispezioni e Sotto-ispezioni delle gabelle, il  r.d. 16 ott. 1862, n. 911  , sulla classificazione delle Dogane e il  r.d. 30 ott. 1862, n. 953  , sull’organamento delle Dogane, stabiliscono che il territorio doganale venga suddiviso in 27 Direzioni di circoscrizione: Ancona, Bari, Bologna, Brescia, Cagliari, Catania, Chieti, Como, Cosenza, Firenze, Foggia, Genova, Girgenti, Lecce, Livorno, Messina, Milano, Modena, Napoli, Novara, Oneglia, Orbetello, Palermo, Parma, Reggio, Salerno, Torino.
Le Direzioni di circoscrizione comprendono 57 Ispezioni e 91 Sotto-ispezioni.
Le dogane risultano complessivamente essere: 8 di primo ordine - prima classe, 12 di primo ordine - seconda classe, 9 di primo ordine - terza classe, 10 di primo ordine - quarta classe, 23 di secondo ordine - prima classe, 63 di secondo ordine - seconda classe, 70 di secondo ordine - terza classe, 210 di secondo ordine - quarta classe.
Lo stesso provvedimento prevede l’abolizione dei privilegi di cui godevano nei precedenti ordinamenti le città franche di Ancona, Livorno, Messina e una revisione per i porti franchi di Genova e Brindisi.
Il personale della Direzione generale delle gabelle è composto da funzionari ed impiegati civili e da personale inquadrato nella Guardia doganale, facente parte integrale dell’organico dell’Amministrazione.

Nel 1867 l’organizzazione territoriale subisce una profonda ristrutturazione. Il  r.d. 13 ott. 1867, n. 4009  , approva le Tabelle colle quali sono determinati la circoscrizione ed il ruolo del personale assegnato alle Direzioni compartimentali ed alle Ispezioni delle gabelle; individua le sedi delle 22 Direzioni di circoscrizione, ora denominate Direzioni compartimentali delle gabelle, articolate in 98 Ispezioni e stabilisce il loro organico. Con il  r.d. 21 nov. 1867, n. 4044  , che approva il ruolo del personale e la circoscrizione territoriale delle Direzioni compartimentali delle gabelle instituite nelle province venete e mantovana, vengono istituite quattro nuove Direzioni a Belluno, Udine, Venezia e Verona.

Di grande rilevanza storico-amministrativa è l’istituzione delle Intendenze di finanza , che avviene con  r.d. 26 set. 1869, n. 5286  . A questi uffici vengono attribuite le competenze spettanti alle Direzioni compartimentali esistenti nei vari rami dell’Amministrazione finanziaria:
- demanio e tasse sugli affari;
- imposte dirette, catasto, pesi e misure;
- gabelle, nonché quelle delle Ispezioni distrettuali e delle Agenzie del Tesoro .
Stabilendo che il servizio doganale è alle dipendenze dell’Intendenza di finanza, lo stesso regio decreto 5286/1869 prevede ampie eccezioni a tale norma, mantenendo alla responsabilità dei direttori della dogana l’esercizio del servizio doganale e tutte le facoltà a loro riservate dal regolamento e dalla tariffa doganale.
Anche la Guardia doganale, divisa in comandi posti sotto la direzione di un Ispettore capo, fa parte dell’organico delle Intendenze di finanza ma, con  r.d. 17 nov. 1869, n. 5345  , con cui si approvano le classificazioni, i gradi, gli organici e le variazioni al progetto di bilancio 1870 per le Intendenze di finanza, gli Ispettori della Guardia doganale tornano alle dirette dipendenza del ministero.

In seguito al  r.d. 31 dic. 1876, n. 3614  , con il quale sono approvati i nuovi organici del personale delle amministrazioni finanziarie ed al relativo decreto di attuazione  d.m. 28 gen. 1877  , la struttura territoriale delle dogane si basa su 113 Ispezioni poste in sedi di importanza commerciale o in centri ai confini di terre e di mare, sempre alle dipendenze delle Intendenze di finanza.
Il  r.d. 30 dic. 1877, n. 3954  , che abolisce la direzione centrale del lotto, assegna alla Direzione generale delle gabelle l’amministrazione del lotto pubblico.
Con  l. 8 apr. 1881, n. 149  , relativa al corpo delle guardie doganali, la Guardia doganale assume la denominazione di Corpo della regia Guardia di finanza.
Con  r.d. 7 giu. 1886, n. 3929  ,  Che istituisce un laboratorio chimico in Roma alle dipendenze della Direzione generale delle gabelle  , nasce il Laboratorio chimico delle gabelle, diviso in due sezioni:
la prima procede a ricerche, analisi, esami di prodotti e procedimenti relativi alla manipolazione e produzione dei sali e dei tabacchi;
la seconda è incaricata dei controlli di qualità sugli zuccheri esportati e delle analisi per l’esatta applicazione della Tariffa doganale e delle imposte di fabbricazione.
In un primo momento il Laboratorio viene inserito nel settore Privativa.

Con il  r.d. 17 nov. 1887, n. 5072  , che approva un nuovo ordinamento delle dogane e con il successivo  d.m. 23 nov. 1887  , vengono stabilite le categorie delle dogane e le operazioni che le stesse sono abilitate a compiere, le sedi delle Direzioni doganali circoscrizionali, delle Dogane principali e secondarie che le compongono, delle Sezioni doganali, del personale da assegnare a ciascun ufficio.
Risultano così 20 Direzioni doganali circoscrizionali: Ancona, Bari, Cagliari, Catania, Como, Firenze, Genova, Civitavecchia, Livorno, Messina, Milano, Napoli, Palermo, Roma, Savona, Torino, Udine, Venezia, Verona e Ventimiglia, che comprendono complessivamente 347 Dogane di 1°, 2° e 3° classe (57 Dogane di 1° classe; 98 Dogane di 2° classe; 192 Dogane di 3° classe) e 204 sezioni doganali.
La vigilanza e direzione delle dogane continuano ad essere affidate alle Intendenze di finanza , dalle quali dipendono le Direzioni doganali circoscrizionali.
Con il  r.d. 24 dic. 1891, n. 725  , che approva un nuovo ordinamento delle dogane, si procede ad un’ulteriore revisione territoriale degli uffici doganali, che non muta di molto la preesistente situazione. Le dogane continuano a dipendere dalle Intendenze di finanza e gli uffici vengono ripartiti in due ordini e tre classi, in totale 543 uffici, comprese le 20 Direzioni circoscrizionali.
Il  r.d. 27 set. 1893, n. 557  , divide la Direzione generale delle gabelle in due direzione generali distinte, una della Direzione generale delle gabelle e una Direzione generale delle privative, attuano una ripartizione delle mansioni tra le due direzioni generali:
- la prima sovrintende ai servizi della dogana, dei dazi di consumo e delle tasse di fabbricazione, dei servizi di vigilanza della Guardia di finanza;
- la seconda ai servizi dei sali, dei tabacchi, del lotto.
Il Laboratorio chimico viene inserito nell’Amministrazione delle dogane.

Con il  r.d. 22 lug. 1894, n. 380  , che approva il nuovo organico delle dogane del Regno, le dogane sono ancora divise in due ordini ed in tre classi, nonché, ai fini contabili, in principali e secondarie. Ogni dogana può essere divisa in sezioni. Le Direzioni circoscrizionali diventano 18: Ancona, Bari, Cagliari, Catania, Como, Firenze, Genova, Livorno, Messina, Milano, Napoli, Palermo, Roma, Savona, Torino, Udine, Venezia e Verona.
Non tutte le circoscrizioni sono sedi di direttore, dei quali uno è assegnato all’Ufficio di revisione delle scritture doganali ed uno al Laboratorio chimico presso la Direzione generale delle gabelle.
Con la  l. 19 lug. 1906, n. 367  , relativa al Corpo delle regie guardie di finanza, il Corpo ottiene una impostazione più militare. Al comando viene posto un generale dell’esercito e spariscono tutte le qualifiche di tradizione doganale per essere sostituite dai gradi militari. In tal modo l’attività di vigilanza del confine terrestre e marittimo, necessaria per contrastare il contrabbando è affidata ad un corpo militare, mentre tutta l’attività di applicazione degli istituti normativi doganali, nel campo delle accise, del controllo merceologico, dell’applicazione delle tariffe e della riscossione dei tributi resta di competenza della Direzione generale delle gabelle.
Una ulteriore revisione strutturale delle dogane viene predisposta con il  r.d. 2 ago. 1902. n. 361  , che approva l’organico degli uffici doganali del Regno.
La Direzione generale delle gabelle viene quindi trasformata dal  d.lgs. 3 feb. 1918, n. 235  , che stabilisce la denominazione delle singole direzioni generali del Ministero delle finanze, in Direzione generale delle dogane e delle imposte indirette, strutturata, come la precedente in tre branche: dogane, imposte di fabbricazione, dazi di consumo.
Il  d.lt. 8 giu. 1919, n. 976  , affida alle Intendenze di finanza il servizio compartimentale del lotto.

  1923-1941 
Con il  r.d. 19 apr. 1923, n. 1314  , che approva l’organico e determina le facoltà delle dogane del Regno, e con il successivo  d.m. 7 lug. 1923  vengono individuate la sede, l’ordine e la classe di ciascuna dogana: sono stabilite 18 (poi 19) Circoscrizioni doganali, articolate in dogane secondarie, sezioni, Posti doganali e 7 Compartimenti di ispezione che si trovano a Genova, Milano, Napoli, Palermo, Roma, Trieste e Venezia. Vengono anche inglobate nell’organizzazione doganale le province acquisite con la prima guerra mondiale.
Successivamente con il  r.d. 24 mag. 1924, n. 997  , che istituisce presso il Ministero delle finanze una Commissione centrale per i dazi interni, è scorporata dalle competenze della Direzione generale delle dogane e imposte indirette l’amministrazione dei Dazi di consumo, che viene affidata ai Comuni, sotto la vigilanza di una Commissione centrale per i dazi interni.
Il  r.d. 30 giu. 1927, n. 1349  , determina le dogane del Regno e le loro facoltà, aggiungendo la Circoscrizione doganale di Fiume.
Con il  r.d.l. 20 mar. 1930, n. 141  , vengono abolite le cinte daziarie e i dazi interni comunali; sono istituite le imposte di consumo ed aumentano le competenze dei comuni sui tributi locali.

  1941-1990  
Con il  r.d. 16 nov. 1941, n. 1484  , relativo alla determinazione della sede, della classe e della facoltà di ciascuna dogana e delle vie doganali per l’entrata e l’uscita delle merci, seguito dal  d.m. 1° feb. 1942  , per la ripartizione territoriale dei servizi e degli uffici doganali, le dogane vengono ripartite in sei classi, sono previste le Sezioni doganali, i Posti doganali e i Posti d’osservazione e si procede alla provvisoria assegnazione alle Circoscrizioni di Savona e di Torino delle località acquisite dall’Italia dopo l’armistizio con la Francia.
Le Circoscrizioni doganali diventano 22: Ancona, Bari, Bologna, Bolzano, Brindisi, Cagliari, Catania, Como, Fiume, Genova, la Spezia, Livorno, Messina, Milano, Napoli, Palermo, Roma, Savona, Torino, Trieste, Udine, Venezia.
Sono confermati i 7 Compartimenti doganali d’ispezione , con compiti ispettivi sulle dogane comprese nelle rispettive delimitazioni territoriali, con sede a Genova, Milano, Napoli, Palermo, Roma, Trieste e Venezia. Vengono anche istituite 5 Dogane internazionali di 1a classe, che costituiscono Circoscrizioni a sé stanti, con sede a Chiasso, Domodossola, Luino, Mentone e Modane.
Il  d.m. 1° set. 1949  , che modifica la ripartizione territoriale degli uffici doganali, provvede ad aggiungere 12 Circoscrizioni doganali: Aosta. Firenze, Fortezza, Gorizia, Imperia, Novara, Reggio Calabria, Salerno, Siracusa, Taranto, Trapani, Verona.
La Dogana di Monfalcone costituisce una Direzione superiore a sé stante.
Ai sensi del  d.p.r. 18 feb. 1971, n. 18  , che modifica e aggiorna le disposizioni legislative in materia doganale, in attuazione della delega conferita al Governo con legge 25 gennaio 1968, n. 29, si procede ad una revisione degli uffici doganali ai fini di una migliore razionalizzazione della distribuzione territoriale. Il riordinamento viene attuato con il  d.p.r. 12 giu. 1972, n. 424  , che stabilisce la soppressione di 42 dogane e l’istituzione di altre 40.
Con successivo  d.m. 18 dic. 1972  , si procede alla delimitazione territoriale delle Circoscrizioni doganali e dei Compartimenti doganali, all’individuazione delle Dogane, Dezioni, Posti doganali, all’assegnazione delle categorie, da prima a terza, alle varie dogane ed all’assegnazione delle competenze per ciascuna categoria. Vengono anche istituite le Circoscrizioni doganali di Padova, Pescara e Milano 2°. A quest’ultima è attribuita la competenza sugli scali aeroportuali della Lombardia.

  1990-2001  
La necessità di armonizzare la normativa alle direttive CEE e di aggiornare la struttura doganale porta alla  l. 10 ott. 1989, n. 349  , che conferisce la delega al Governo ad adottare norme per l’aggiornamento, la modifica e l’integrazione delle disposizioni legislative in materia doganale, per la riorganizzazione dell’amministrazione delle dogane e imposte indirette, in materia di contrabbando e in materia di ordinamento ed esercizio dei magazzini generali e di applicazione delle discipline doganali ai predetti magazzini generali, nonché delega ad adottare un testo unico in materia doganale e di imposte di fabbricazione e di consumo. Il successivo  d.l. 26 apr. 1990, n. 105  , determina l'organizzazione centrale e periferica dell’amministrazione delle dogane e delle imposte indirette e fissa l'ordinamento del relativo personale, in attuazione della legge 10 ottobre 1989, n. 349. Nasce così, presso il Ministero delle finanze, il Dipartimento delle dogane e delle imposte indirette articolato, a livello territoriale, in 14 Direzioni compartimentali con sede ad Ancona, Bari, Bologna, Bolzano, Cagliari, Firenze, Genova, Milano, Napoli, Palermo, Roma, Torino, Trieste, Venezia, 49 Circoscrizioni doganali, 150 Dogane, 41 Uffici tecnici e 14 Laboratori chimici.
Al Dipartimento delle dogane e delle imposte indirette è demandato lo svolgimento di tutte le funzioni inerenti il servizio doganale a suo tempo assegnato alle soppresse Intendenze di finanza .
Con il  d.l. 30 ago 1993, n. 331  , sono istituiti, nell’ambito del Dipartimento delle dogane e delle imposte indirette, la Direzione centrale per l’analisi merceologica ed il Laboratorio chimico.
Dal 1° gennaio 1993, con la realizzazione del Mercato unico europeo cadono tutte le leggi doganali interne e si realizza un Codice doganale unico per tutti i Paesi che aderiscono, in seguito al Regolamento CEE n. 2913/92 del Consiglio del 12 ottobre 1992 e al Regolamento CEE n. 2454/93 della Commissione del 2 luglio 1993. Le merci possono transitare liberamente da un Paese all’altro della Comunità prive di vincoli doganali. Esistono alcune limitazioni che possono essere così riassunte:
- regime provvisorio dell’IVA;
- procedure di transito per le merci spedite da un Paese all’altro della comunità mediante l’attraversamento di un Paese terzo (transito indiretto).
A seguito della riforma dell'organizzazione del governo, prevista dal  d.l. 30 lug. 1999, n. 300  , l'amministrazione delle dogane muta la sua configurazione giuridica. Le sue competenze sono attribuite all'Agenzia delle dogane, ente pubblico dotato di personalità giuridica, con ampia autonomia.