Con  d.lgt. 20 nov. 1916, n. 1664  , viene istituito il Tribunale delle acque pubbliche, come giudice unico e in unica sede, al fine di dirimere le controversie in materia di acque pubbliche, prima conosciute dagli organi della giurisdizione ordinaria e dalla giustizia amministrativa. Con  d.lgt. 24 gen. 1917, n. 85  , viene approvato il regolamento di esecuzione che include sia il regolamento tecnico amministrativo che il regolamento di procedura dinanzi al nuovo tribunale.
In base a  r.d.l. 9 ott. 1919, n. 2161  , che riorganizza il contenzioso in materia di acque pubbliche e istituisce i Tribunali delle acque, a Roma rimane, con competenza estesa a tutto il territorio nazionale, il Tribunale superiore delle acque pubbliche, come giudice di secondo grado rispetto alle controversie dei tribunali delle acque, e quale giudice amministrativo in unico grado.
Il Tribunale superiore delle acque pubbliche, composto di dodici membri, è presieduto da un magistrato di Cassazione; conosce in grado di appello le cause decise in primo grado dal Tribunale regionale. Il Tribunale superiore ha cognizione diretta su:
Contro le decisioni pronunciate in grado di appello dal Tribunale superiore è ammesso il ricorso alle sezioni unite della Corte di Cassazione (art. 200).
A seguito di due sentenze della Corte costituzionale del 2002 (17 luglio, n. 353, e 3 luglio, n. 305) il  d.l. 11 nov. 2002, n. 251  , stabilisce la soppressione dei Tribunali regionali e del Tribunale superiore delle acque pubbliche, con trasferimento di competenze, in parte al Tribunale ordinario, e in parte ai Tribunali amministrativi regionali (TAR). La legge di conversione,  l. 10 gen. 2003, n. 1  , non ratifica la parte in cui si dispone tale soppressione e, pertanto, il Tribunale superiore delle acque pubbliche continua ad operare.