Al principio del sec. XIII Pergine era una gastaldia del principe vescovo, ma verso la fine del secolo passò sotto il dominio dei conti del Tirolo. Nel 1531 il principe vescovo Bernardo Clesio cedette al Tirolo la città di Bolzano, ricevendo in cambio Pergine, che da allora in poi rimase sotto l'amministrazione diretta del principato, che vi teneva luogotenenti e commissari. Il luogotenente risiedeva nel castello ed era giudice in appello per le sentenze dei commissari