Il consilium iustitiae istituito con decreto 14 genn. 1453 si sdoppiò alla metà del sec. XVI in queste due magistrature: la prima con competenze genericamente consultive oltre a quella specifica per le cause di terza istanza in Ferrara; la seconda per la spedizione delle suppliche di giustizia e di grazia, la soluzione dei conflitti di competenza, la decisione de plano delle cause che le venissero delegate dal principe. Dopo il trasferimento a Modena della capitale, quest'ultima fu composta di norma dai segretari e consiglieri di Stato preposti ai Partimenti dello Stato . Le competenze dei due consigli, inoltre, vennero spesso ad interferire tra di loro, fino a dar luogo ad una parziale unificazione dell'archivio