Nei primi tempi del principato la difesa dei diritti della corona fu affidata insieme ad altri compiti al primo segretario Lelio Torelli che nello stesso tempo era anche auditore dicamera o primo auditore del sovrano. Nel 1576, alla morte di Torelli, le due cariche furono di fatto distinte e il primo auditore continuò ad esercitare la funzione di difensore dei diritti del principe, mentre la carica di primo segretario fu affidata ad altra persona. Istituita la consulta nel 1600, questa sostituì in parte il primo auditore, carica che fu poi abolita nel 1610. La sua competenza in materia di benefici ecclesiastici passò all'auditore dei benefizi e cose ecclesiastiche o " sopra i negozi beneficiali e giurisdizionali ". Alla fine del sec. XVII Cosimo III, dopo la morte dell'auditore Ferrante Capponi, istituì la congregazione per gli affari beneficiali e giurisdizionali, composta da cinque membri, di cui l'auditore divenne segretario. Il titolo di segretario della reale giurisdizione fu usato solo per la nomina di Giulio Rucellai il 25 febbraio 1735. Egli difendeva la giurisdizione del principe soprattutto contro le pretese della curia romana e degli ecclesiastici. Aveva competenza in materia di benefici ecclesiastici e in generale in tutti gli affari legali e amministrativi che li riguardavano