Con l'avvento al trono di Pietro Leopoldo, insieme alle altre, fu riorganizzata il 21 settembre 1765 la segreteria di Stato, cui fu preposto Pompeo Neri. Essa conservò in generale le attribuzioni che aveva al tempo di Francesco Stefano di Lorena. Fu ristrutturata dai motuproprio 28 dic. 1770 [Ibid., cod. V, n. CCXXIX] e dalle istruzioni del 31 dicembre dello stesso anno. Altre istruzioni furono emanate in seguito per una migliore distribuzione degli affari. Il 6 aprile 1789 [Ibid., cod. XIV, n. XXIV] furono riuniti il consiglio di Stato, che già aveva esteso la sua competenza agli affari di guerra, e quello delle finanze. Anche le due segreterie, di Stato e finanze, furono riunite in una sola segreteria, quella del consiglio di Stato, finanze e guerra, pur conservando separati gli uffici, il personale, e gli archivi. Esse furono considerate " dipartimenti " di un solo organo. Alla segreteria unificata fu preposto un primo direttore, mentre a capo del dipartimento di Stato e di quello di finanze furono messi due secondi direttori