Il 25 aprile 1739 fu istituito il consiglio di guerra che fu preposto all'omonima segreteria. In realtà questo dipartimento, come già quello di finanze, era sottoposto prima di tale data al consiglio di reggenza. Alle sue sedute interveniva in un primo tempo il comandante delle truppe austriache di occupazione, oltre al segretario di guerra Carlo Rinuccini che aveva coperto tale carica sotto Gian Gastone. Lo stesso consiglio fu abolito il 30 settembre 1746 e le sue funzioni passarono al consiglio di reggenza. Tuttavia il personale, gli uffici e gli archivi rimasero ben distinti e gli affari da sottoporsi al consiglio erano portati dal segretario di guerra che ne faceva parte. Anche dopo la riforma del settembre 1765 il consiglio di Stato conservò la sua competenza per gli affari di guerra. Tale competenza gli rimase nelle successive riforme