La istituzione di un capitaneus custodie et balie civitatis Pistorii pro comuni Florentie risale all'anno 1331. Fino al 1367 si alternò e per alcuni anni coesistette con il capitano del popolo. A partire da tale data il capitano del popolo non venne più nominato e le sue attribuzioni furono conferite al rettore fiorentino designato con il titolo di capitaneus custodie et defensor populi civitatis Pistorii. All'inizio le funzioni di tale magistrato attenevano prevalentemente alla vigilanza sulla sicurezza del territorio; successivamente, parallelamente all'affermarsi dell'autorità fiorentina su Pistoia, si estesero alla rappresentanza in loco del comune dominante e al controllo sugli organismi locali. Tali attribuzioni vennero istituzionalizzate nel 1373 anno in cui Firenze vietò al podestà, ancora di libera elezione pistoiese. di partecipare alle riunioni del consiglio generale del popolo e del comune riservando al solo rettore fiorentino il diritto d'intervento e di controllo sull'attività del massimo organo deliberativo. Per quanto riguarda le attribuzioni giudiziarie il capitano di custodia aveva, come il podestà ampie competenze in materia criminale potendo punire tutti i delitti commessi nella città e nel distretto di Pistoia. Il rettore fiorentino aveva però la prerogativa esclusiva di decidere con piena autorità tutte le questioni relative ai reati contro lo Stato e contro l'ordine pubblico in quanto conservator libertatis et pacis Nell'esplicare la sua attività il capitano era coadiuvato da un giudice collaterale il quale, oltre a istruire i vari processi, fungeva anche da giudice dei primi appelli e delle nullità tanto nelle cause civili che nelle criminali. In alcune occasioni al capitano venivano conferiti più estesi poteri di vigilanza e controllo, oltre che sulla città, anche sul contado e distretto di Pistoia. Comunque, malgrado le diverse denominazioni date nel tempo al rappresentante fiorentino (fino ai primi anni del XVI secolo si trovano indifferentemente usati i due termini di capitano o commissario, poi solo il secondo di essi, infine, a partire dal 1749, viene denominato governatore), le attribuzioni esaminate rimasero praticamente invariate fino al 1772