Ricostituiti nel sec. XVI dopo la definitiva soggezione di Pisa allo Stato fiorentino; con provvisione del 4 giugno 1557 furono definite le loro funzioni giudiziarie. Per notizie relative ad essi vedi anche Consoli del mare governatori di Pisa e Ufficio dei fossi poi dei fossi e comunità . Con motuproprio 12 ott. 1782 [ Bandi Toscana, cod. XI, n. XCIV] vennero unite la cancelleria dell'auditore del commissariato e quella del tribunale dei consoli del mare: all'auditore del commissariato passarono le competenze già proprie dei consoli del mare, i quali divennero organo di appello per le cause dell'auditore, competenza in precedenza attribuita ai priori (vedi Commissario di Pisa ); ai consoli del mare venne anche attribuita la cognizione in seconda o terza istanza delle cause che prima spettavano all'auditore dell'ufficio dei fossi (soppresso con lo stesso motuproprio) quando in prima o seconda istanza aveva giudicato l'auditore del commissariato.

Il motuproprio del 1782, in concomitanza con il trasferimento di ulteriori attribuzioni dal soppresso tribunale dei fossi di Pisa, portava a tre i consoli potenziandone la cancelleria; fra le altre cose, si venne a determinare un'archiviazione distinta rispetto alle serie precedenti. Con successivo motuproprio 26 nov. 1783 fu deciso che alle sentenze del tribunale dell'auditore di Livorno, di qualsiasi ammontare fossero, si dovesse interporre appello al solo magistrato dei consoli, con esclusione di qualsiasi tribunale fiorentino