Creata nel 1712, contemporaneamente all'istituto delle scienze, per sovrintendere a questo ultimo. Prese il nome di deputazione dell'istituto nel periodo successivo alla caduta del regime pontificio. Nel 1724 Marco Antonio Sbaraglia fece all'istituto una donazione per l'istituzione di una cattedra di geografia e nautica. Con chirografo pontificio 22 giu. 1745 fu soppresso l'antico collegio Pannolini; una parte delle proprietà e delle rendite di questa collegio passarono all'istituto delle scienze. E' per questo che presso l'archivio di tale magistratura si trovano documenti, di natura prevalentemente patrimoniale e di data molto anteriore all'istituzione di essa, riguardanti la famiglia Sbaraglia e il collegio Pannolini