Istituita con dispaccio 30 lu. 1737, dal 6 ottobre 1759 fu unita alla segreteria di grazia e giustizia, distaccandosi da quest'ultima a partire dall'8 settembre 1791 per esservi di nuovo riunita dal 26 giugno 1802. Curava gli affari relativi alla delegazione della real giurisdizione, alla cappellania maggiore e sua curia, all'università degli studi, ai benefici ecclesiastici e regi, occupandosi inoltre dei rapporti, anche contenziosi, con la Santa Sede. Aveva ancora competenza per la materia ecclesiastica su tutte le deliberazioni degli organi collegiali, sui dispacci dei segretari di Stato, stille relazioni e le consulte della real camera di S. Chiara.