L'archivio della cancelleria dei conti di Modica, essendo andato distrutto nel 1447 quello più antico, documenta l'attività amministrativa e finanziaria degli uffici comitali locali dall'inizio del sec. XVI. Le strutture organizzative di questo feudo ricalcavano da vicino quelle del viceregno, almeno quanto alla distinzione fra organi finanziari e giurisdizionali e fra uffici centrali e periferici. La cancelleria comprendeva gli uffici del governatore, del tribunale del patrimonio, del maestro notaro e forse anche della segreteria di giustizia. Dal tribunale del patrimonio - che curava l'amministrazione dei beni sia in ordine all'aspetto giuridico-amministrativo (stipula di contratti, nomine di ufficiali, con l'intervento del governatore e, dalla metà del sec. XVII, anche del giudice deputato) che a quello finanziario (riscossione dei fitti e dei censi, verifica di rendiconti, gestione del denaro, assegnata in appalto a un amministratore o affidata a un tesoriere) dipendevano gli ufficiali delle varie " terre ", cioè i segreti, i terraggeri ed anche il maestroportulano del caricatoio di Pozzallo che era lo scalo marittimo principale per la estrazione dei grani. Dalla Spagna i conti erano soliti nominare un procuratore generale che da Palermo, ove di solito risiedeva, fungeva da tramite con la cancelleria di Modica. Questi organi rimasero in vita, con qualche modifica, anche quando la contea fu incamerata dal fisco regio (1704) e, in seguito, dalla reinvestitura degli Henriquez-Cabrera fino all abolizione della feudalità in Sicilia.