Istituita con decreto reale 8 febbraio 1812 (  Bollettino delle leggi  , 1812, parte I, p. 117 ss) aveva il compito di esaminare i conti delle entrate riscosse dal tesoro, dai ricevitori generali dei dipartimenti e dalle amministrazioni delle imposte indirette; delle spese erogate dal tesoro e dagli ufficiali pagatori, delle esazioni e delle spese riguardanti i fondi e i redditi concernenti la contabilità dei dipartimenti e dei comuni i cui bilanci erano soggetti all’approvazione sovrana (art. 11); doveva pure controllare la regolarità della contabilità dei ministeri e di tutti gli uffici finanziari, i quali tutti dovevano rimettere alla Corte dei Conti i registri e le pezze giustificative della contabilità (artt. 12-14, art. 98). Le decisione della Corte erano subito esecutive; contro di esse si poteva tuttavia ricorrere al Consiglio di Stato (art. 19).
L’Ufficio era composto di un Primo presidente, di un presidente, di otto giudici dei conti, di un procuratore generale, di un cancelliere capo e di un congruo numero di referendari. Nell’ambito della Corte erano previste due sezioni, alle quali poteva affiancarsi una terza per il giudizio sui conti arretrati. I membri della corte, che dovevano risiedere a Milano, erano nominati per cinque anni, rinnovabili con una nomina a vita. La designazione dei primi giudici, dei referendari e del personale della corte avvenne nel corso del mese di marzo (Bollettino delle leggi, 1812, parte I, p. 254).
La Corte dei conti fu sciolta per ordine del feldmaresciallo Bellegarde con determinazione del 29 luglio 1814 e in suo luogo venne istituita una Direzione generale di contabilità (cfr.  Atti di governo  , pp. 109-110).