Venne istituita con decreto 8 gennaio 1805 con sede in Milano. Giudicava sulle prede fatte nei confronti della marina inglese e di quella delle altre potenze nemiche della Francia (d. 12 dicembre 1805, in  Bollettino regno d’Italia  , 1805, n. 152). Altre attribuzioni della Commissione e modalità sulla vendita e liquidazione delle prede furono fissate con decreti 27 febbraio 1806, 21 novembre 1806 e 4 dicembre 1806: con quest’ultimo decreto si stabiliva che una percentuale del ricavato della vendita dei beni predati dai “corsari del Regno” fosse destinata alle pensioni degli invalidi della marina (  Bollettino regno d’Italia  , 1806, n. 229).
In luogo della Commissione delle prede marittime fu istituito con Decreto 1° luglio 1811 il “Consiglio delle prede marittime”, composto di quattro membri, presieduto da un consigliere di Stato e assistito da un procuratore generale. Le decisioni del Consiglio potevano essere impugnate innanzi al Consiglio di Stato (  Bollettino regno d’Italia  , 1811, n. 154). Sulle prede marittime aveva alcune competenze anche l’Amministrazione delle dogane, in base ad un decreto 28 marzo 1812.