La maggiore attività di quest'ufficio fu diretta all'alienazione e all'amministrazione dei beni incamerati con la soppressione degli istituti ecclesiastici, avvenuta durante il principato. Dal 1806 ebbe anche la competenza sulle iscrizioni ipotecarie. Soppressa l'amministrazione generale del registro e del domanio nel 1817, le sue competenze passarono alla direzione del registro e delle ipoteche posta alle dipendenze del dipartimento delle finanze. Il fondo comprende anche le carte della Direzione del registro e delle ipoteche e 363 filze precedentemente depositate presso l'Ufficio del registro, dotate di inventario a parte.