Reintrodotto dopo la restaurazione, alle dirette dipendenze di un commissario di guerra e marina, che aveva sede in Livorno, il comando della marina di guerra svolgeva compiti di difesa dello Stato e di polizia costiera. A seguito di motuproprio 17 ag. 1838 il corpo, ridotto a poca cosa come uomini e mezzi, venne denominato più modestamente comando militare ed affidato al nuovo titolare della capitaneria di porto. Ma ciò non portò mai a commistione di competenze, rimanendo per conseguenza materialmente distinti anche i rispettivi archivi