Dopo la soppressione del tribunale di prima istanza (motuproprio 13 ott. 1814 [ Leggi del Granducato... cit., 1814, I, pp. 333-358] ) i procedimenti penali vennero istruiti dalla cancelleria criminale dell'auditore fiscale - istituito nel 1561 da Cosimo I con competenze politiche e giudiziarie che progressivamente si ampliarono - e sottoposti al giudizio della rota criminale di Firenze o a quello della rota di Grosseto, che aveva giurisdizione sulla provincia inferiore di Siena (istruzioni del 29 nov. 1814 [ Governo di Siena, 2] ). Con istruzioni del 16 apr. 1816 [ Leggi del Granducato... cit., 1816, III, pp. 136-139] la direzione della cancelleria criminale fu affidata all'auditore di governo; trattava tutti gli affari di polizia spettanti ai vicari regi e istruiva le cause da rimettere alla rota competente. La cancelleria criminale dell'auditore di governo fu soppressa nel 1838