Istituita con r.d. 9 ott. 1861, n. 255, fu soppressa con r.d. 10 mar. 1862, n. 482: le sue divisioni passarono allora alle dirette dipendenze del segretariato generale. Ricostituita con r.d. 30 ott. 1864, n. 1980, assunse nel 1866 il nome di direzione superiore di amministrazione. Fu soppressa nuovamente nel 1868 e ricostituita nel 1886. Con r.d. 29 mar. 1891, n. 149, fu ancora soppressa e ricostituita con r.d. 24 dic. 1893, n. 689. Soppressa infine ne 1899, le sue divisioni passarono alle dipendenze di un ispettorato generale, ad eccezione della divisione quarta per la sanità pubblica che divenne a sua volta ispettorato generale della sanità (vedi Direzione generale della sanità pubblica ). Fu ricostituita definitivamente l'anno successivo. Mentre la divisione prima per il personale e la divisione quarta per la sanità pubblica appartennero saltuariamente a questa direzione generale, dipesero sempre da essa - tranne ovviamente i periodi in cui fu soppressa - la divisione seconda per l'amministrazione comunale e provinciale, la divisione terza per le opere pie poi beneficenza pubblica che divenne direzione generale per l'assistenza pubblica nel 1949; ad essa facevano capo anche le attribuzioni relative agli Archivi di Stato fino all'istituzione della direzione generale degli Archivi di Stato e quelle relative al servizio elettorale.
Dopo il 1944 furono istituiti una divisione per gli organici degli enti locali e affari del comune di Roma, una divisione affari regionali e studi, una divisione dei servizi elettorali (in precedenza trattati dalla divisione seconda) e una divisione per la finanza locale.
Successivamente le attribuzioni relative all'amministrazione degli affari comunali e provinciali e al relativo personale furono ripartite in più divisioni e gli uffici del servizio elettorale assunsero maggiore rilevanza ed ebbero quindi una più complessa articolazione