Nel 1861 le competenze attinenti alle accademie di belle arti, ai musei, agli scavi e ai conservatori musicali appartenevano insieme ad altre numerose competenze alla divisione prima. Dopo circa due anni la divisione si sdoppiò in una divisione prima per il personale e una divisione seconda per tutte le altre competenze. Con r.d. 4 genn. 1872, n. 662, fu istituita una giunta consultiva di storia, archeologia e paleografia; con r.d. 7 ag. 1874, n. 2033 fu istituito un consiglio centrale di archeologia e belle arti; con r.d. 28 mar. 1875, n. 2440, fu creata una direzione centrale per i musei e gli scavi d'antichità del regno, mentre le accademie di belle arti passavano nell'anno successivo ad un provveditorato per le belle arti che si occupava anche delle biblioteche. Nel 1881 il provveditorato veniva soppresso: le biblioteche passavano alla divisione per le università, accademie scientifico-letterarie e biblioteche (vedi Direzione generale per l'istruzione superiore ) mentre le belle arti, unite alle antichità, passavano nella direzione generale delle antichità e belle arti che subentrava alla direzione centrale per i musei e gli scavi. Con r.d. 20 lu. 1890, n. 7002 - successivamente modificato con r.d. 28 giu. 1891, n. 392 - fu soppressa la direzione generale della antichità e belle arti: i suoi servizi venivano demandati a una divisione per l'arte antica e a una divisione per l'arte moderna, trasformate con d.m. 23 nov. 1893 in divisione scavi musei e gallerie e divisione monumenti e scuole d'arte. Con r.d. 16 mar. 1893, n. 156, fu istituita una giunta di belle arti (che subentrava alle soppresse commissione permanente di belle arti e giunta consultiva di archeologia), soppressa con r.d. 12 apr. 1894, n. 140, e ricostituita con lo stesso decreto come giunta superiore di belle arti, alla quale subentrava nel 1907 il consiglio superiore delle antichità e belle arti. Con r.d. 5 genn. 1893, n. 45, fu istituito un ufficio speciale per la compilazione del catalogo dei monumenti e, con r.d. 27 apr. 1894, n. 173, fu istituita una giunta superiore per la storia e per l'archeologia. Nel 1895 fu ricostituita la direzione generale antichità e belle arti che nel 1901, unica direzione generale non soppressa, si articolava in una divisione nona per le antichità e una divisione decima per le belle arti. Nel 1919 veniva istituito un sottosegretariato di Stato per le antichità e belle arti, soppresso nel 1923. Nel 1940 la direzione generale antichità e belle arti diventava direzione generale delle arti e riassumeva la precedente denominazione alla fine della guerra. L'articolazione interna della direzione generale subì nel corso degli anni numerose trasformazioni, di cui si segnala l'evoluzione nelle linee generali, in relazione alle carte conservate.
La documentazione compresa tra il 1860 e il 1907, articolata in diversi versamenti, costituisce un unico fondo, mentre per gli anni successivi è possibile ricondurre le carte alle diverse divisioni. Nel 1908 le principali competenze della direzione generale (affari generali, scavi, musei, oggetti d'arte, monumenti, istruzione artistica e accademie di belle arti, istruzione musicale) erano trattate da due divisioni, la prima per scavi, musei e oggetti d'arte, monumenti, la seconda per l'istruzione artistica e musicale: queste due divisioni divennero poi rispettivamente dodicesima e tredicesima e quindi seconda e terza. Nel 1927 veniva istituita la divisione prima per gli affari generali e il personale. La terza si sdoppiò nel 1937 in due divisioni: la terza per le scuole e accademie e la quarta per i conservatori musicali. Nel 1939 fu istituita una divisione per la difesa del patrimonio storico-artistico in caso di guerra, che divenne divisione terza; nella quarta furono concentrati le accademie e i conservatori di musica, mentre le scuole d'arte passavano a una divisione quinta. Nel 1940 le competenze della divisione seconda (scavi, musei e oggetti d'arte, monumenti) venivano così ripartite: divisione seconda per gli scavi; divisione terza per musei, gallerie e pinacoteche; ufficio monumenti. Di conseguenza la divisione per la difesa del patrimonio storico-artistico in caso di guerra diventava divisione quarta, l'istruzione musicale unita all'educazione drammatica diventava divisione quinta, mentre l'istruzione artistica alla quale venivano unite le accademie di belle arti, diventava divisione sesta. Con la soppressione della divisione quarta per la difesa del patrimonio storico-artistico, la divisione quinta per l'educazione drammatica e musicale diventava quarta e la divisione sesta per l'istruzione artistica le accademie e le scuole d'arte diventava divisione quinta. Parallelamente alle frequenti riorganizzazioni delle divisioni venivano creati istituti e uffici con competenze specifiche, quali l'ufficio del catalogo, l'archivio fotografico, il gabinetto fotografico, l'opificio delle pietre dure, l'istituto della calcografia, la galleria nazionale d'arte moderna. Corrispondenza di questi uffici può trovarsi inserita negli archivi delle varie divisioni, che in momenti diversi ebbero competenza su di essi. La stessa cosa avviene per il contenzioso, la legislazione, le fondazioni, i piani regolatori, l'urbanistica, i palazzi reali, le bellezze naturali e altre materie la cui competenza fu frequentemente passata da una divisione all'altra [ Per gli archivi di questa direzione generale, relativi agli anni 1908-1965, versati all'Archivio centrale dello Stato tra la fine del 1979 e il 1980, le notizie storiche e la descrizione dei fondi sono tratte dagli inventari sommari e dalle annotazioni del dott. Matteo Musacchio che ne cura l'ordinamento]