Vi è contenuta la gran parte della documentazione relativa alla politica interna ed estera del periodo precedente l'annessione di Genova all'impero francese. L'attuale situazione delle carte - ordinate per materia - non consente di individuare tutti gli uffici di cui si conserva la documentazione, costituita in prevalenza da decreti, deliberazioni, verbali e corrispondenza; è possibile segnalarne alcuni in corrispondenza ai cambiamenti di governi accennati, pur senza poterne dare le date esatte e la consistenza.
Governo provvisorio (14 giugno 1797 - 16 gennaio 1798): Commissione provvisoria, Commissione delle petizioni, Comitato di corrispondenza interna, Comitato delle finanze, Comitato delle relazioni estere, Comitato militare.
Repubblica ligure democratica (17 gennaio 1798 - 6 dicembre 1799): Consiglio dei seniori e Consiglio dei giuniori, Direttorio dei ministeri per la guerra e marina, per gli affari esteri e la giustizia, dell'interiore e finanze.
Commissione provvisoria del governo ligure (7 dicembre 1799 - 4 giugno 1800): Commissione provvisoria, Commissione di governo, Ministro dell'interno e delle finanze, Ministro delle relazioni estere, Ministro per la guerra e la marina, Comitato di liquidazione, Commissione militare.
Reggenza imperiale austriaca (4 - 24 giugno 1800): si conservano soltanto una filza di mandati e un libro mastro di scrittura per l'amministrazione.
Governo presieduto da Déjan (26 giugno 1800 - 30 luglio 1802): Commissione straordinaria di governo, Consulta legislativa, Magistrato delle relazioni estere e della giustizia, Magistrato dell'interno e delle finanze, Magistrato di guerra e marina, Commissione di liquidazione Repubblica ligure (agosto 1802-6 giugno 1805): Senato, Magistrato supremo, Magistrato di giustizia e legislazione, Magistrato dell'interno, Magistrato delle finanze, Magistrato di guerra e marina.
Infine si conservano bilanci, conti, lettere, messaggi della Municipalità di Genova e di altri organi periferici per l'intero periodo 1797-1805.
Altre carte di questi anni sono comprese nei fondi del periodo dell'annessione all'impero francese. Vedi anche Antichi regimi, Repubblica aristocratica, Archivio segreto, Governo provvisorio e magistrato supremo della Repubblica ligure