L'archivio, nel quale sono confluite anche carte di uffici periferici, comprende, tra l'altro, deliberazioni, notulari, mandati, rapporti medici intorno agli ammalati e ai morti; purghe del lazzaretto di Varignano  [Nel comune di La Spezia]  Foce  [Nel comune di Genova]  e Novi (Novi Ligure)  [In provincia di Alessandria]  corrispondenza relativa al lazzaretto di Varignano, alle giurisdizioni di Entella, Golfo di Venere, Colombo, Ulivi, Lemmo, agli uffici di Ponente e di Levante nonché ai rapporti con l'estero