L'Archivio Gonzaga si può definire in sostanza come l'antico archivio " segreto " marchionale poi ducale, abbondantemente integrato con altra documentazione di data molto posteriore alla caduta della dinastia; esso è stato inserito, durante i lavori di ordinamento iniziati nel 1760, entro le ventidue classi A-Z fissate col piano di sistemazione varato il 13 agosto 1775. Come tale è poi rimasto, intatto nella sua struttura, a costituire il nucleo più prestigioso e il centro d'attrazione di sempre nuove carte di particolare importanza, sia dell'archivio governativo istituito nel 1786, sia soprattutto dell'archivio storico patrio pervenuto) come si è detto, all'AS Mantova nel 1899. Un tipico archivio di corte e di cancelleria, insomma, con richiami di atti dalle più svariate magistrature sia comunali che principesche, ma ordinato per materia a posteriori, e quindi in modo tale da non rispecchiare né l'organizzazione della cancelleria, né tanto meno quella degli organi di governo nel loro complesso. Naturalmente esso comprende anche carte di data anteriore all'avvento dei Gonzaga al potere: in particolare quelle che i Gonzaga stessi avevano concentrato nella magna domus dopo la battaglia di piazza San Pietro del 16 agosto 1328, data comunemente accolta come termine della signoria bonacolsiana, e che l'incendio dell'archivio del comune nel 1413 ha reso poi particolarmente preziose.
Dell'archivio Gonzaga, comprensivo però di alcuni pochi altri fondi che si è ritenuto di presentare ora a parte, Pietro Torelli ha pubblicato nel 1920 un inventario, con ampia introduzione e copiosa bibliografia; inventario che resta tuttora lo strumento di ricerca per eccellenza. In un secondo volume Alessandro Luzio ne inventariò più analiticamente il settore della corrispondenza. Il Torelli ha posto tra parentesi quadre le date degli atti in copia o inseriti in altri di data posteriore, ma non ha distinto i documenti membranacei da quelli cartacei; talché non è possibile fornire il numero delle pergamene facenti parte del fondo