Fin dall'epoca normanna fu a capo dei notai della cancelleria regia, col compito di sopraintendere alla redazione dei diplomi sovrani, rimanendo però alle dipendenze del cancelliere.
Successivamente l'ufficio assunse una propria fisionomia e la carica acquistò sempre maggiore prestigio. Il protonotaro faceva parte del sacro regio consiglio e vi esercitava funzioni di segretario. All'ufficio era delegata la sorveglianza sui notai del regno, per quanto riguardava la loro nomina, destinazione o rimozione. Al protonotaro era attribuito il compito di ricevere il giuramento d'osservanza dei privilegi del regno da parte dei nuovi sovrani; ad esso erano affidati speciali incarichi nel parlamento di cui registrava gli atti. Aveva competenza in materia di cerimoniali e sulla nomina degli uffici regi e feudali.
L'ufficio fu soppresso con regio decreto 20 lu. 1819  [Collezione regno Due sicilie, 1819, n. 1660]  trasferite al ministero e segreteria di Stato presso il luogotenente generale, ripartimento di grazia e giustizia.