La chiesa di S. Giovanni Battista con contratto enfiteutico dell'anno 1519 fu concessa alla nazione napoletana dai rettori dell'Ospedale grande per fondarvi una confraternita e perché servisse da ospedale per i napoletani residenti a Palermo.
Ad essa venne successivamente aggregata la chiesa " alla Marina ", dove la confraternita trasferì la propria sede e dove rimase, accresciuta da molti lasciti e rendite.