Si riconosce tradizionalmente nel diploma di Enrico V dell'anno 1116- diploma con cui inizia il " Registro Grosso ", il primo cartulario del comune - l'atto di fondazione del comune di Bologna ed, almeno indicativamente, sembra questa una data accettabile, in quanto negli anni immediatamente successivi non mancarono testimonianze dell'agire in campo pubblico di rappresentanti comunali e dell'esistenza di una assemblea. La struttura primitiva dell'organizzazione cittadina, come nelle altre città centro-settentrionali, appare articolata in due corpi collegiali, uno più ampio - l'assemblea - con poteri deliberativi ed uno più ristretto - i consoli - con funzioni esecutive, militari e di giurisdizione, se pure solo civile. La sostituzione di un magistrato unico al collegio dei consoli è documentata per la prima volta nel 1151, quando la reggenza della città fu affidata al reggiano Guido da Sasso, rector et potestas, assistito da una curia di funzionari e da un consilium sapientum. La presenza tra questi ultimi dei quattro dottori dello Studio prefigurava quella che sarebbe stata una delle caratteristiche fondamentali della vita pubblica bolognese: l'intima compartecipazione tra l'organismo politico comunale e lo Studio cittadino.
Nel periodo successivo si alternarono nel governo della città magistrati singoli (podestà di nomina imperiale) e corpi collegiali (consoli cittadini), assistiti da un consiglio di giudici e " treguani ", finché col 1191 comparvero stabilmente podestà forestieri.
L'incremento demografico, il forte sviluppo economico ed il rapido mutamento operatosi nell'ambiente sociale nella prima metà del sec. XIII misero prima in crisi l'organizzazione aristocratica del comune incentrata sulla figura del podestà - il cui campo di effettivo intervento venne ben presto limitato dal sorgere di nuove magistrature cittadine, all'esercizio dell'attività giurisdizionale - e provocarono quindi la nascita di una nuova struttura organizzativa fondata sulle società d'arti e d'armi e rappresentata al vertice dall'istituto del capitano del popolo, mentre l'effettivo governo della cosa pubblica si raccolse nelle mani dei capi delle arti, gli anziani. Si tratta ovviamente di un processo evolutivo per il quale risulta arbitrario fissare date precise, anche perché gli istituti della primitiva organizzazione comunale vennero in fasi successive adattati alla mutata situazione politica.
Fondamentali nelle vicende del comune bolognese furono gli avvenimenti degli ultimi decenni del sec. XIII. Le lotte tra i guelfi (Geremei) ed i ghibellini (Lambertazzi) che avevano a lungo agitato l'ambiente cittadino ebbero una svolta pressoché definitiva nel 1274 quando in appoggio ai Geremei scesero in campo le società d'arti e d'armi ed i Lambertazzi vennero cacciati dalla città. Gli "ordinamenti sacrati" e "sacratissimi" degli anni 1282-84 tradussero sul piano legislativo la avvenuta conquista del potere da parte delle società popolari e sancirono contemporaneamente il connubio tra queste e la parte guelfa. Peraltro a modificare il quadro politico in cui agiva il comune bolognese intervenne nel 1278 un accordo tra l'imperatore Rodolfo d'Asburgo ed il papa Nicolò III, a seguito del quale Bologna e la Romagna furono riconosciute immediatamente soggette alla Santa Sede.
Questo passaggio dalla lontana sovranità imperiale alla più vicina ed interessata sovranità pontificia valse a limitare ogni possibilità di espansione bolognese e la stessa autonomia di governo della città.
Tra la fine del sec. XIII e l'inizio del XIV Bologna prese parte con alterna fortuna alle lotte che ebbero per teatro la Romagna, l'Emilia e la Toscana. Nel 1327, approfittando di un momento di crisi particolarmente acuto sia sul piano militare sia relativamente agli istituti cittadini, il legato pontificio Bertrando del Poggetto ottenne che il consiglio del popolo gli conferisse la signoria sulla città. Il suo governo, ben presto caratterizzatosi in senso fortemente autoritario, durò fino al 1334 quando una rivolta costrinse il legato ad abbandonare la città. Il recupero dell'autonomia comunale fu molto breve. Nel 1337 Taddeo Pepoli venne acclamato signore. Egli resse la città fino alla morte avvenuta nel settembre 1347. Gli subentrarono i figli Giacomo e Giovanni, i quali nel 1350 cedettero il potere da essi detenuto all'arcivescovo Giovanni Visconti di Milano.
Per un venticinquennio si succedettero al governo della città i Visconti ed i legati pontifici, finché nel marzo 1376 una rivolta, ispirata da Firenze, cacciò il legato pontificio e ripristinò le antiche strutture dell'autonomo governo comunale. Si aprì così il periodo che venne chiamato della " Signoria del popolo e delle arti " e che si protrasse fino al termine del sec. XIV.
Con l'inizio del 1400 si ebbero nuovi tentativi da parte di diversi (i Bentivoglio Giovanni, poi Anton Galeazzo, quindi Annibale - i Visconti, i Canetoli) di instaurare il proprio predominio sulla città; tentativi che resero a lungo incerta la situazione politica bolognese, finché nel 1443 Annibale Bentivoglio risolse a proprio favore lo scontro con i suoi vari oppositori. Egli riuscì quindi, pur con il rispetto formale delle prerogative degli organi di governo della città, ad esserne praticamente il signore. E l'esercizio del potere di governo, attuato soprattutto attraverso il nuovo collegio dei riformatori dello Stato di libertà, si fissò stabilmente nelle mani dei membri della famiglia Bentivoglio, prima Annibale fino al 1446, indi Sante dal 1446 al 1463 ed infine Giovanni II. La conclusione nel 1447 di un accordo col papa, i " capitoli di Nicolò V " che regoleranno i rapporti tra Bologna e la Santa Sede fino al 1796, una accorta posizione di equilibrio tra i vari Stati italiani ed all'interno una politica di pacificazione tra le fazioni e di incentivi allo sviluppo economico parvero assicurare una generale acquiescenza al dominio dei vari Bentivoglio, tal che, pur in assenza di una precisa legittimazione formale, essi furono effettivamente i signori della città.
Verso la fine del sec. XV la posizione dei Bentivoglio prese tuttavia ad indebolirsi, poiché venne loro progressivamente a mancare sia l'appoggio dell'aristocrazia cittadina, per la spietata reazione dei Bentivoglio al manifestarsi di fermenti di opposizione, sia il favore popolare per una sempre più accentuata fiscalità. Unico sostegno sembrò essere la protezione del re Luigi XII, signore del Milanese, ma essa non poté impedire la conquista della città nel novembre 1506 da parte di Giulio II. I Bentivoglio abbandonarono quindi Bologna. Un estremo tentativo di riprenderne il dominio, attuato nel maggio 1511, si concluse nel giugno dell'anno successivo con la loro definitiva cacciata dalla città. Bologna entrava così stabilmente a far parte, pur con le prerogative ed i privilegi riconosciutile dai " capitoli di Nicolò V ", dello Stato della Chiesa

Dopo l'esperienza comunale e le prime esperienze signorili, un fatto importante è costituito dai "capitula" di Nicolò V del 1447. Essi posero fine ai precedenti confusi rapporti tra il governo signorile bolognese e la Santa Sede, definendo l'ambito e i limiti dell'autonomia cittadina. I magistrati locali come gli anziani ed i sedici riformatori dello Stato di libertà, continuarono a tenere il governo della città, condividendone però la gestione con il legato, rappresentante della sovranità papale. Né i magistrati cittadini, né il legato potevano deliberare alcuna cosa senza il reciproco consenso. I "capitula" che, con successive modifiche e successive conferme, ebbero secolare durata, stabilivano un governo che si suole definire "misto", basato su una collaborazione che si rivelerà però più ideale che reale. E dipenderà dalle circostante locali, o connesse con quelle centrali, dalle personalità dei singoli legati o dal peso politico acquistato dai magistrati cittadini, la prevalenza ed il rispettivo ridimensionamento dei rappresentanti del potere centrale o del potere locale. Nel 1513, in forza di una bolla di Leone X, fu istituito il senato. Da tale organo dipendevano o ad esso si ricollegavano tutte le magistrature cittadine