Caduta definitivamente Cesena in potere del papato nel 1465, salvo il brevissimo intermezzo del dominio di Cesare Borgia che la fece centro del Suo ducato di Romagna (1502), si ebbero mutamenti nell'organizzazione comunale: le antiche magistrature del comune libero e della signoria scomparvero o furono poste in ombra dalla figura del governatore pontificio della città (oltre che naturalmente dal legato della provincia, quella di Romagnacon sede in Ravenna). Si conservò per qualche tempo la competenza giudiziaria del podestà, ma anch'essa fu poi in larga misura assorbita da quella concorrente del governatore Fu rimaneggiato il consiglio della città e si ebbero, accanto alle congregazioni competenti nelle varie materie d'amministrazione, sei conservatori come organo esecutivo del comune Giulio II, dapprima tramite il card. Giovanni Sacchi, governatore di Cesena, che emanò il decreto del 12 mar. 1504, poi con propria bolla solenne del 24 giu. 1504, riorganizzò il governo civile di Cesena, attuando un riassetto destinato a durare, salvo poche modifiche, fino al 1797