Il 1504 fu l'anno della definitiva conquista papale e dell'entrata della città nella compagine dello Stato pontificio. Ciò portò mutamenti di rilievo nell'organizzazione del comune: con riforme, introdotte al tempo di papa Giulio II [ Presso la biblioteca comunale di Forlì si trovano importanti manoscritti concernenti queste riforme ed altre notevoli situazioni cittadine, nonché gli statuti cittadini del 1359, uno statuto daziario e uno sull'arte della lana ] al consiglio dei Quaranta furono sostituiti il consiglio generale e il consiglio segreto, e agli anziani i conservatori - ai quali, in numero di sei, veniva demandato il potere esecutivo - mentre un governatore, nominato dalla Santa Sede e dotato di vasti poteri, veniva a insediarsi nella città. Speciali consigli, chiamati a decidere nei diversi rami amministrativi, erano costituiti dalle congregazioni La città fece parte, appunto dal 1504, della provincia di Romagna; questa era governata con ampi poteri da un cardinal legato che spesso delegava o comunque si associava un vice legato, chiamato presidente di Romagna, che esercitava effettivamente il governo sedendo in Ravenna [ Una parte della documentazione prodotta dalla legazione di Romagna, peraltro assai lacunosa, si conserva presso l'AS Ravenna, mentre la parte relativa agli affari politici e riservati è conservata nell'Archivio segreto vaticano dove fu trasferita alla fine del '700. Tale documentazione riguarda naturalmente anche il territorio dell'attuale provincia di Forlì ] Perduta così ogni autonomia politica la città conservò tuttavia, sostanzialmente, il sistema amministrativo precedente: continuò ad esempio a sussistere l'organizzazione del contado e del distretto, territori caratterizzati da una particolare condizione giuridica Il comune riscuoteva sia le proprie imposte che quelle camerali da versare allo Stato. Nel 1615 furono emanati nuovi statuti in sostituzione dei precedenti, anche se ormai nei secc. XVI, XVII e XVIII fu la legislazione dello Stato, emanata a Roma o a Ravenna, ad attuare mutamenti e riforme