Nel 1787 fu istituito il Fondo di religione, magistratura centrale dello Stato di Milano, con sede nella capitale, per la conservazione e liquidazione del patrimonio degli enti ecclesiastici e laicali soppressi; subentrò alle precedenti autorità ducali - Vacante ecclesiastico, Vacante o asse ex-gesuitico, regia giunta delle pie fondazioni - che avevano avuto competenza in materia, assumendone i poteri e in conseguenza gli archivi. I poteri e le attribuzioni del Fondo - amministrazione e vigilanza - si rilevano dalle istruzioni ai regi amministratori del Fondo di religione [AS MILANO, Amministrazione del fondo di religione, b. 14] dettate nell'agosto 1789 dal consiglio di governo. Il 16 aprile, con decreto-circolare n. 1997, il consiglio stabiliva che le carte relative ai vacanti dovessero essere raccolte nella casa che serviva per ospizio della soppressa certosa di Pavia per essere ordinate. La " riordinazione " delle carte era determinata dalla esigenza di permettere al Fondo lo svolgimento delle sue attività amministrative e fiscali. Entro due anni fu completato il primo inventario-guida manoscritto dell'archivio: Elenco delle carte esistenti nel regio archivio generale del fondo di religione [AS MILANO, Ibid., b. 14, fasc. 66, appendice n. 1] . In seguito al concentramento dell'amministrazione del patrimonio ecclesiastico si ebbe la istituzione di una cassa generale del fondo di religione. Durante il governo militare francese (maggio-agosto 1796) il Fondo di religione continuò a funzionare e, nell'agosto 1796, le sue attribuzioni vennero formalmente riconfermate. In seguito a richiesta degli amministratori del Fondo, gli uffici da esso dipendenti - ragioneria ecclesiastica, cassa e archivio generale - vennero concentrati in un unico edificio. Con la repubblica cisalpina i beni vacanti e soppressi vennero dichiarati beni nazionali e il Fondo di religione assunse la denominazione di amministrazione centrale dei beni nazionali (16 dicembre 1797), posta alle dipendenze del ministro di finanza. Il 7 marzo 1798, l'amministrazione, i cui compiti diventavano più ampi, assunse la denominazione di agenzia centrale dei beni nazionali. Riacquistò quella di Fondo di religione nel breve periodo di occupazione austro-russa (29 aprile 1799-2 giugno 1800) e tale rimase per tutto l'anno 1800. Il 6 gennaio 1801 divenne direzione centrale dei beni nazionali. con legge 22 pratile a. IX (11 giugno 1801) la consulta legislativa delegò direttamente il ministero delle finanze alla amministrazione dei beni nazionali [AS MILANO, Archivio della vicepresidenza della repubblica, Archivio Melzi restituito, b. 7, fasc. 21] . Si ebbero poi ulteriori disposizioni per il riordinamento dell'archivio. Durante la repubblica italiana, con decreto 17 marzo 1802 del vice presidente Melzi, veniva costituito l'economato generale dei beni nazionali. Con la riorganizzazione costituzionale-amministrativa del regno d'Italia i beni nazionali vennero a costituire il primo demanio dello Stato moderno: infatti con decreto reale 28 giugno 1805 [Bollettino regno d'Italia, 1805, n. 66] , passarono sotto l'amministrazione del demanio del regno nell'ambito del ministero delle finanze. Il 23 luglio [Ibid., 1805, n. 92] seguente vennero riunite alla massa dei beni demaniali (già detti nazionali) i beni assegnati con decreto 10 novembre 1804 [Bollettino repubblica italiana, 1804, n. 128] per la dotazione del clero; infine con decreto reale 25 aprile 1806 [Bollettino regno d'Italia, 1806, n. 47] furono avocati al demanio i beni delle abbazie e commende di qualunque ordine straniero e quelli delle scuole, confraternite e simili consorzi laici. Con i nuovi versamenti l'archivio generale si accrebbe: nel 1808 il deposito del Fondo (che nel 1796 era già stato trasferito dall'ospizio della certosina alla casa del Ducato, in contrada Case Rotte) fu spostato nell'ex convento delle benedettine al Bocchetto, dove ebbe sede durante il regno italico Dopo la restaurazione l'amministrazione riassunse la denominazione di Fondo di religione, pur rimanendo sotto la direzione del demanio del regno. Nel 1817 l'archivio seguì la nuova sede dell'ufficio, in S. Giovanni alle Case Rotte, costituendo con esso un unico corpo operante. Nel 1824 l'archivio passò sotto la sorveglianza del direttore generale degli archivi governativi, ma il deposito rimase nella sede in cui si trovava, fino al 1839 quando, insieme ad alcune sezioni intendentizie, il Fondo di religione e l'archivio passarono nell'ex convento di S. Spirito. Nel 1865 l'archivio fu versato all'Archivio governativo