Al momento dell'unificazione le attribuzioni relative al culto cattolico appartenevano al ministero per la giustizia e gli affari ecclesiastici, mentre quelle appartenenti ai culti acattolici appartenevano al ministero dell'interno. Con r.d. 16 ott. 1861 ,n. 275, anche queste ultime furono trasferite al ministero per la giustizia e gli affari ecclesiastici, che mutò la sua denominazione in quella di ministero di grazia, giustizia e culti. Con successivo r.d. 24 dic. 1864, n. 2082 la direzione superiore dei culti divenne direzione generale degli affari di culto e, nel 1887, fu istituita anche la direzione generale del fondo per il culto (vedi
Ministero di grazia e giustizia
). Con r.d. 20 lu. 1932, n. 884 furono trasferite dal ministero della giustizia e affari di culto al ministero dell'interno la direzione generale degli affari di culto e la direzione generale de fondo per il culto e del fondo di beneficenza e religione nella città di Roma, alla quale erano stati attribuiti, con. 27 mag. 1929, n. 848, i servizi relativi alla gestione del patrimonio riunito dei soppressi economati generali dei benefici vacanti e dei fondi di religione dei territori annessi dopo la prima guerra mondiale (nel 1930 furono sistemati i servizi della direzione generale del fondo per il culto presso il ministero della giustizia e affari di culto). Con r.d.l. 19 ag. 1932, n. 1080, furono stabilite le modalità del passaggio dei servizi dall'uno all'altro ministero. Lo stesso decreto, convertito in 1.6 apr. 1933, n. 455, prevedeva anche le norme per il passaggio alle prefetture dei poteri e delle facoltà, fino allora spettanti in materia di culti alle procure generali presso le corti di appello e agli uffici per gli affari di culto esistenti presso le procure stesse. Con r.d.l. 28 sett. 1933, n. 1281, fu attuata la sistemazione nel ministero dell'interno, con modifiche dei ruoli organici, degli affari del culto ripartiti tra la direzione generale affari di culto e la direzione generale del fondo per il culto e del fondo di religione e beneficenza nella città di Roma, di cui ancora non sono state versate le carte