L'archivio amministrativo di questo dicastero, la cui importanza nei secoli precedenti (vedi Congregazioni sistine e presidenze, Congregazione della sacra consulta ) era paragonabile a quella della congregazione del buon governo, è andato quasi completamente disperso. Per la documentazione di carattere giudiziario vedi Tribunale della sacra consulta .
E' giunta a noi solo documentazione amministrativa del sec. XIX riguardante per lo più la sanità (vedi Congregazione speciale di sanità ), le carceri (vedi Direzione generale delle carceri, case di condanna e luoghi di pena ) e queste poche buste della segreteria. L'ultima busta contiene documentazione del Tribunale della sacra consulta.