Vi erano a palazzo ducale tre cancellerie, ducale, secreta e inferiore, da intendersi al tempo stesso come ambiente, come luogo di conservazione di archivi e come struttura burocratica. I fondi archivistici del maggior consiglio, senato, collegio erano ripartiti tra le due prime, dipendenti dal cancellier grande e dal consiglio di dieci.
Spettavano alla cancelleria ducale le serie di carattere prevalentemente amministrativo e meno riservato; alla secreta, distinta dalla ducale con parte del maggior consiglio 23 aprile 1402 e del consiglio di dieci 31 ott. 1459, quelle di natura più specificamente politica, relative ai rapporti sia interni che esterni. La cancelleria inferiore, così chiamata dalla sua ubicazione, retta da due cancellieri inferiori nominati dal doge e dal 1523 (13 maggio, maggior consiglio: correzione della promissione ducale nell'elezione di Andrea Gritti) confermati dal collegio, conservava invece le serie proprie della carica ducale (vedi Cancelleria inferiore, Doge ), i protocolli dei notai morti, cessati dall'esercizio o assenti e le cedole testamentarie, cioè i documenti espressione della volontà dei privati che era equiparata alle leggi, e le serie inerenti alla propria attività (vedi Cancelleria inferiore, Notai e Cancelleria inferiore, Miscellanea ).
Appartenevano inoltre alla secreta - come attestato tra l'altro dall' inventario compilato nel 1669 dal segretario Antonio di Negri - i cartulari e alcune serie di documenti originali più antichi, altre serie non riferibili propriamente ad alcuno dei consigli, altre ancora di contenuto miscellaneo. Si aggiungano i cosiddetti archivi propri, provenienti da cariche e personaggi diversi e acquisiti in vario modo dalla repubblica, qui di seguito descritti in ordine alfabetico. Alcuni di tali fondi e serie furono identificati e ricomposti in epoca abbastanza recente, sempre però sulla scorta di inventari antichi e di altre indicazioni originarie