La giustizia penale durante la Repubblica cisalpina fu organizzata in tre livelli, a seconda della gravità dei reati. Per i reati minori, cui corrispondeva una detenzione non superiore a tre giorni o una multa non superiore a sei lire, era competente il giudice di pace in sede di tribunale di polizia, formato dal giudice stesso e da due assessori; per reati più gravi, ma che non comportavano pena di carattere “afflittivo o infamante” e in ogni caso detenzione superiore a due anni, giudicava il tribunale correzionale, composto da un presidente nominato dall’assemblea elettorale del dipartimento, due giudici di pace, un commissario del direttorio esecutivo e un cancelliere. I circondari dei tribunali correzionali furono stabiliti dapprima con legge 19 germile a. VI/8 apr. 1798 (  Raccolta leggi Cisalpina  , t. V, p. 24; t. VI, pp. 11 - 22, 39 - 48, 58 - 60: vedi tabella ). Successivamente, dopo la riforma dei dipartimenti del 19 fruttidoro/5 settembre, le leggi 5, 21 e 27 vendemmiaio a.VI/26 sett., 12 e 18 ott. 1798 (  ibid.  , vedi tabella ) fissarono nuovamente circondario e residenza sia dei tribunali correzionali che dei giudici di pace. Riguardo agli altri reati, un primo giurì decideva se ammettere o rigettare l’accusa e un secondo riconosceva il fatto; le pene corrispondenti venivano applicate dal tribunale criminale, istituito in ogni dipartimento e composto da un presidente, un accusatore pubblico, due giudici del tribunale civile, un commissario e un cancelliere (per le vicende relative allo loro istituzione, vedi tribunale civile dipartimentale).
I giudizi dei tribunali di polizia erano inappellabili, quelli dei tribunali correzionali erano appellabili al tribunale criminale; per i giudizi di quest’ultimo era possibile il solo ricorso presso il tribunale di Cassazione istituito in Milano.
Per tutta l’organizzazione della giustizia penale, vedi la costituzione della Repubblica cisalpina, artt. 222 - 253, e la legge 15 fruttidoro a.VI/1 sett. 1798 (  Raccolta leggi Cisalpina  , t. V, p. 301).