Istituito durante la prima Repubblica Cisalpina con legge 8 vendemmiale a VII (  Raccolta leggi Cisalpina  , VI, p. 64) conservò un suo ordinamento in sette sezioni fino alla Consulta di Lione; l’art. 67 della Costituzione della Repubblica Italiana votata nei Comizi di Lione e pubblicata il 26 gennaio 1802 (  Bollettino repubblica italiana  , 1802, n. 1) dava al Ministro della Giustizia il titolo di Gran Giudice Nazionale e l’art. 68 ne stabiliva le attribuzioni. Secondo l’art. 69 le funzioni di  Gran Giudice  e quelle di  Ministro Segretario di Stato della Giustizia  avrebbero potuto essere separate con decisione del Governo. Questo però non si verificò mai, e l’Ufficio nella duplice veste fu occupato da Giuseppe Luosi alla caduta di Napoleone. Altre attribuzioni vennero date al Ministero della Giustizia con decreto 23 novembre 1803 (  Bollettino repubblica italiana  , a. 1803, p. 283): durante le assenze del Vice presidente era questi che lo rappresentava (  Bollettino repubblica italiana  , 12 novembre 1804, n. 129). Il Ministro della giustizia e Gran Giudice presiedeva inoltre la Corte di Cassazione, le Commissioni reali per la codificazione, il Consiglio generale delle prede, il Consiglio privato delle grazie.
Il Ministero era organizzato in una Segreteria, cinque Divisioni amministrative e un ufficio speciale per gli affari della Corte di Cassazione.