Il ministro della guerra fu nominato durante la prima Repubblica Cisalpina nel giugno 1797; le attribuzioni del ministero furono definite con legge 13 pratile a. VI (1 giu. 1798). Venne soppresso alla fine dell’aprile 1799 a seguito dell’entrata delle armate austro-russe in Milano.
Istituito da Napoleone con decreto dato a Parigi il 22 febbraio 1802 e organizzato in 3 divisioni con decreto 25 aprile 1802 (  Bollettino repubblica italiana   , 1802, n. 11 p. 34;  Foglio Ufficiale della Rep. Italiana  , I (1802) n. 33 p. 57) subì varie trasformazioni; il 3 luglio 1802 gli venne affiancato un  Consiglio di amministrazione della guerra  (  Bollettino repubblica italiana  , 1802, n. 46 p. 134) e con la costituzione del Regno d’Italia fu organizzato in quattro Divisioni. Avevano uffici autonomi uniti al Ministero della Guerra la  Direzione delle rassegne e coscrizioni militari  e il  Deposito di guerra  , che aveva compito di ufficio storico, custodiva i piani di battaglie, dirigeva i lavori topografici e la composizione della carta militare del Regno.
Il Ministero inviava ogni mese al Bonaparte un rapporto sull’Armata italiana.