Durante la prima Repubblica Cisalpina le funzioni del ministro dell’interno vengono conferite al ministro di polizia. Le attribuzioni del ministero dell’interno furono definite con legge 13 pratile a. VI (1 giu. 1798). Con lo stesso provvedimento venivano definite anche le attribuzioni del ministero di polizia, le cui funzioni erano state unite il 3 nov. 1797 a quelle del ministro della giustizia.
Il Ministero dell’interno e il Ministero della polizia vengono soppressi alla fine dell’aprile 1799 a seguito dell’entrata delle armate austro-russe in Milano.
Istituito con Decreto 24 febbraio 1802, le sue attribuzioni vennero fissate e in parte modificate con decreti successivi come quello del 25 maggio e 23 giugno 1802 (compiti politici e finanziari) e del 18 febbraio 1803. Quest’ultimo decreto fissava meglio i suoi compiti: mantenimento dell’ordine pubblico, attività di polizia politica, controllo dell’attività amministrativa degli organi periferici dello Stato: dipartimenti, distretti e comuni. (  Bollettino repubblica italiana  , 1803, n. 18, p. 33).
Lo stesso decreto 18 febbraio 1803 che ne fissava le competenze ripartiva in 5 Divisioni gli uffici del ministero: Tutela amministrativa; Opere pubbliche; Economia pubblica; Istruzione pubblica; Polizia generale.
Aveva anche una segreteria generale e un ufficio di Ragioneria. Tra il 1805 e il 1807 il Ministero dell’Interno fu ristrutturato in Direzioni Generali assumendo le caratteristiche di un ministero moderno:  Direzione Generale di pubblica istruzione  (7 giugno 1805, in  Bollettino regno d’Italia  , 1805 n. 42);  Direzione Generale acque e strade  (  ibid.  , 7 giugno 1805);  Direzione del Censo  (  ibid.  , 7 giugno 1805) ristrutturata poi nel 1807 (  ibid.  , 1807, n. 67) con la denominazione di  Direzione generale del Censo e delle Imposizioni dirette  ;  Direzione Generale di Polizia  (d. 1° agosto 1805,  ibid.  , 1805 n. 104) dipendente più nominalmente che realmente dal Ministero dell’Interno (vedi Prefettura di polizia in Milano );  Direzione Generale dell’Amministrazione dei Comuni  (3 gennaio 1807,  ibid.  , 1807, n. 2;  Direzione Generale per la pubblica beneficenza  , staccata dal Ministero per il Culto (21 dicembre 1807, in  Bollettino regno d’Italia  , 1807, n. 79).