Istituito da Napoleone con decreto 1 maggio 1802, con il quale pure nominava Giovanni Bovara “ministro del culto” (  Bollettino repubblica italiana  , 1802, d. n. 32, p. 100) venne organizzato con due decreti del Vice presidente Melzi del 23 giugno 1802 (  Bollettino repubblica italiana  , 1802: decreti n. 42 e 43, p. 122 ss.).
Esso si basava sulla legge organica per il clero italiano pubblicata a Lione il 26 gennaio 1802, e già il 17 marzo 1802 il Melzi aveva incaricato il Bovara di quelle incombenze che sarebbero poi state incluse effettivamente nel Ministero per il Culto. Il Ministero aveva tre sezioni: 1. Istruzione sacra, seminari, clero, corporazioni ecclesiastiche. 2. Benefici e istituti di beneficenza. 3. Pie fondazioni e beni di culto. Con decreto del 21 dic. 1807 la beneficenza pubblica passò - tramite le Prefetture - al  Ministero dell’Interno  . Alla caduta di Napoleone il Ministero per il culto venne soppresso e le sue competenze attribuite alla I.R. Reggenza provvisoria di Governo.