Strettamente collegata alla congregazione sistina super viis, pontibus et fontibus, era presieduta da un cardinale e ne faceva parte il chierico di Camera presidente delle acque, nelle cui mani si andò concentrando la competenza sugli acquedotti di Roma; solo dell'acqua vergine, o Trevi, continuò ad avere cura la Camera capitolina che, nel tempo, venne esautorata dal camerlengo e dal presidente delle acque. La cura dell'acqua Paola, condotta in Roma da Paolo V, era stata affidata ad una congregazione istituita con la costituzione In sede beati Petri del 13 sett. 1612 (della quale faceva parte un chierico di Camera, il tesoriere generale e il commissario della Camera).
La competenza della congregazione delle acque si estese a tutte e tre le acque di Roma: la soprintendenza dell'acqua Paola era stata riunita a quella dell'acqua Felice con chirografo di Clemente XI del 26 nov. 1701  [AS ROMA, Miscellanea della soprintendenza, b. 17, fasc. 15]  la cura dell'acqua Vergine, affidata alla magistratura capitolina, fu sottratta da Clemente XI alla competenza dei conservatori e concentrata, insieme a quella delle altre acque romane, nella presidenza  [Paolo V aveva assegnato 200 luoghi di monte per le spese dell'acqua Paola; successivamente gli oneri per gli acquedotti furono affrontati con la vendita delle acque e con l'imposizione di tasse. Per la cura dell'acqua Vergine Clemente XI creò 600 luoghi di monte " porzionari " (chirografo 30 sett. 1703)]  (vedi anche Presidenza degli acquedotti urbani ).
La congregazione delle acque aveva competenza, oltre che sulle acque e fiumi, anche su ponti, molini, condotti, chiaviche, canali, porti, bonifiche. Il presidente delle acque faceva parte anche della congregazione delle chiane e della congregazione delle paludi pontine, che avevano lo stesso notaio segretario delle acque e delle strade. Per le attribuzioni della congregazione nel sec. XIX vedi Prefettura generale di acque e strade .