Istituita da Pio VI nel 1797 sotto la presidenza del segretario di Stato e composta da un assessore e sei membri scelti tra ufficiali e nobili. Con i regolamenti 1° mag. 1797 fu affidato alla congregazione il comando di tutte le truppe di linea, delle milizie urbane e della marina.
Dopo la repubblica romana del 1798-1799, fu ricostituita nel febbraio 1801 - a seguito della Post diuturnas - ancora presieduta dal segretario di Stato. Dopo il periodo napoleonico riprese le proprie funzioni nel 1815. Con editto della segreteria di Stato 30 genn. 1822 fu pubblicato un Piano di riforma e di organizzazione delle truppe pontificie; in data 8 mag. 1823 fu pubblicato un analogo Piano per la milizia provinciale, che era stata istituita nel dicembre 1803. La congregazione fu sostituita nel 1828 dalla Presidenza delle armi