L'archivio del duca e quello dei notai di Candia furono portati a Venezia nel 1670 dopo la perdita della città e dell'isola al termine del venticinquennale assedio (1645-1669) e a palazzo ducale vennero affidati al profugo Tommaso Sachellari, notaio e ultimo vicecancellier grande, nominato custode dell'archivio delle scritture di Candia.
Ancora accessibili alla metà del Settecento  [F. C[ORNELIUS], Creta sacra sive de episcopis utriusque ritus graeci et latini in insula Cretae. Accedit serie praefectomm venetorum illustrata, Venetiis 1755, voll. 2, passim]  , le carte cretesi, insieme a molte altre, furono riscoperte in due momenti distinti e in sedi separate all'inizio del sec. XIX: parte nel 1811 in un ambiente di palazzo ducale sovrastante la sala dello scrutinio, parte nel 1819 nel deposito degli archivi demaniali a S. Provolo, e da apposite commissioni furono suddivise in notarili, giudiziarie, politico-diplomatiche per essere consegnate ai competenti istituti. Un primo blocco del fondo del duca pervenne così nel 1814 all'archivio politico di S. Teodoro e il rimanente nel 1823 all'ormai costituito archivio generale veneto (archivio dei Frari), dopo una sosta nel refettorio dell'ex-convento di S. Zaccaria, sede inizialmente destinata al nuovo istituto. carte cretesi sono anche in Cinque savi ed anziani alla pace .
Oltre al materiale della cancelleria ducale (del duca) si conservano carte di altri organi e uffici, la cui struttura era modellata, per quanto possibile, su quella veneziana, ripetendone anche i nomi. vi sono inoltre residui della camera fiscale e delle cancellerie del capitanio, del provveditor generale Marco Foscarini e del reggimento di Sitia.
Serie principali, ognuna con molte lacune