Il dipartimento era una circoscrizione amministrativa introdotta in Italia sul modello francese all’atto della creazione della Repubblica Cispadana e confermata con la Repubblica Cisalpina. L’ordinamento dipartimentale venne discusso nel terzo Congresso cispadano di Modena (21 gennaio - 1° marzo 1797) ove furono creati i dipartimenti del Crostolo, del Reno e del Po, con capoluogo fissato rispettivamente a Reggio, a Bologna e a Ferrara; e quindi i dipartimenti di Luni (Massa e Carrara), del Serchio (Castelnuovo), del Finale (Pavullo), delle Terme (Vergato), del Panaro (Modena), del Padusa (Cento) e del Santerno (Imola) (cfr.   Atti Congresso Cispadano  , pp. 240 - 248). I dipartimenti erano a loro volta divisi in distretti e parrocchie, avendo l’assemblea respinto la ripartizione in cantoni.
La costituzione della Repubblica Cisalpina, emanata il 9 luglio 1797, dopo la riunificazione fra Cispadana e Cisalpina avvenuta con decreto 19 maggio 1797, suddivise il territorio della repubblica in undici dipartimenti, vale a dire l’Olona (con capoluogo Milano), l’Alto Po (Cremona), l’Adda (Lodi e Crema alternativamente per un biennio) Adda e Oglio (capoluogo da fissarsi) il Crostolo (Reggio), il Lario (Como), il Panaro (Modena), il Ticino (Pavia), il Verbano (Varese), la Montagna (Lecco), le Alpi Apuane (Massa-Carrara) (cfr.  Raccolta leggi  , Cisalpina, III, p. 63), ai quali se ne aggiunsero altri cinque con decreto 27 lug. 1797 (  ivi  , III, p. 93), ossia il Reno (Bologna), il Basso Po (Ferrara), l’Alta Padusa (Cento), il Rubicone (Rimini) e il Lamone (Faenza). Con il trattato di Campoformio se ne crearono altri quattro: il Serio (Bergamo), il Mella (Brescia), il Benaco (Desenzano), il Mincio (Mantova) (cfr.  ivi  , IV, p. 3: decreto 13 brumale a.VI - 3 nov. 1797).
Con la riforma attuata dal Trouvé con decreto del 19 fruttidoro a.VI (5 settembre 1798), i venti dipartimenti della Cisalpina furono ridotti a undici: Olona, Alto Po, Basso Po, Serio, Adda e Oglio, Mella, Mincio, Panaro, Crostolo, Reno, Rubicone (  ibid.  , V, p. 299).
Nel 1800, con la ricostituzione della repubblica Cisalpina, vi si aggiungeva il dipartimento dell’Agogna con capoluogo Novara (cfr. d. 21 vendemmiaio a.IX - 13 ott.1800:  Raccolta leggi Cisapina  , 1800 I, p. 144 e il d. 11 brumaio a. IX - 2 nov. 1800,  ibid.  , p. 157). Il numero dei dodici dipartimenti restò invariato anche con la creazione della Repubblica Italiana (Olona, Agogna, Lario, Serio, Mella, Alto Po, Mincio, Crostolo, Panaro, Basso Po, Reno, Rubicone).
Ciascun dipartimento della Cisalpina era suddiviso in distretti e questi in comunità. Era governato da un’Amministrazione centrale dipartimentale, composta di cinque membri, uno dei quali assumeva la funzione di presidente dell’amministrazione, secondo la legge 1° termidoro a.V - 19 lug. 1797 (  Raccolta leggi Cisalpina  , III, pp. 72 - 76). In base a tale legge le Amministrazioni sarebbero rimaste in carica per cinque anni, mentre il presidente si rinnovava ogni trimestre. Con la legge del 3 fruttidoro a.VI - (  ibid.  , VI, p. 299) il collegio dell’Amministrazione dipartimentale venne ridotto da cinque a tre membri e ad esso vennero attribuite più precise funzioni per quanto riguardava la vigilanza sulle amministrazioni distrettuali e municipali.
Il governo era rappresentato presso ciascuna Amministrazione dipartimentale da un Commissario del potere esecutivo, che tuttavia svolgeva funzioni meramente ispettive, poiché i compiti amministrativi rimanevano nelle mani degli amministratori dipartimentali. Durante la cosiddetta seconda Repubblica Cisalpina (1800 - 1802), al commissario del potere esecutivo venne sostituito un Commissario del governo, anch’egli distaccato presso i dipartimenti.
L’amministrazione dei dipartimenti ebbe una diversa struttura dopo la creazione della Repubblica Italiana e l’istituzione delle Prefetture dipartimentali ( vedi ).