Nelle città di Ferrara, Modena, Reggio e Bologna, che costituirono la Repubblica cispadana, i congressi cispadani introdussero un ordinamento giudiziario che si uniformava al diritto pubblico delle costituzioni repubblicane francesi: garanzie di difesa per l’imputato, soppressione della giurisdizione ecclesiastica in materie civili, istituzione di gradi del processo. Il III congresso cispadano tenuto a Modena dal 28 gennaio al 1° marzo 1797 stabilì un ordinamento giudiziario basato, oltre che sui giudici di pace, su tribunali civili in ciascun dipartimento, che esercitavano le funzioni di tribunale d’appello per le sentenze appellate nei dipartimenti vicini, e infine sul tribunale di cassazione di Modena; anche per la giustizia penale e commerciale erano previsti gli istituti che furono poi attuati durante la Cisalpina (  Atti Congresso Cispadano  , sessioni XXVI, XXVII e XXIX, pp. 196 - 207 e 214 - 216). Questi istituti ebbero una prima attuazione con le disposizioni provvisorie per l’amministrazione della giustizia civile del 19 termidoro a. V/1 lu. 1797 (  Raccolta bandi Cispadana  , Sassi, t. XVII, p. 64).
Subito dopo la pubblicazione della costituzione della Repubblica cisalpina furono confermati i tribunali esistenti, con legge 21 messidoro a. V/9 lu. 1797 per i territori già parte della Cisalpina (  Raccolta leggi Cisalpina  , t. III, p. 79), e con legge 26 termidoro a. V/13 ag. 1797 per Bologna, Ferrara e la Romagna, annesse alla Cisalpina il 27 luglio (  ibid.  , t. III, p. 107). Tali tribunali furono riformati provvisoriamente con legge 27 termidoro a.V/14 ag. 1797 (  ibid.  , t. III, p. 109). Grande importanza ebbero le leggi del 16 termidoro a.V/3 ag. 1797, per la procedura contro i ladri e malviventi e contro i nemici dell’ordine pubblico (  Raccolta leggi Cisalpina  , t. III, pp. 99 e 100).
Le leggi organiche giudiziarie dell’ottobre 1797 (cfr.  Raccolta leggi Cisalpina  , t. IV, p. 24), che istituivano le magistrature giudiziarie previste dalla costituzione, non ebbero immediata attuazione (vedi legge 23 brumale a. VI/13 novembre 1797,  ibid.  , t. IV, p. 17; ROBERTI, II, p. 17); tuttavia motivi d’urgenza portarono provvisoriamente alla nomina di commissioni criminali militari in alcuni dipartimenti col compito di giudicare i reati più gravi (d. 13 frimale a.VI/3 dicembre 1797,  ibid.  , t. IV, p. 57), quindi all’attivazione dei tribunali criminali costituzionali nei dipartimenti di Olona, Adda, Ticino, Verbano, Lario, Montagna, Alto Po (5 piovoso a.VI/24 genn. 1798,  ibid.  , t. IV, P. 134) e successivamente negli altri dipartimenti (7 germile a.VI/27 mar. 1798,  ibid.  , t. IV, p. 235). I tribunali civili dipartimentali furono attivati solo con la l. 19 germile a.VI/8 apr. 1798 (  Raccolta leggi Cisalpina  , t. V, p. 24; vedi anche l. 9 piovoso a.VI/28 genn. 1798, ibid., t. IV, p. 139); tutta l’organizzazione dei tribunali fu regolata nuovamente con la legge del 15 fruttidoro a.VI/1 sett. 1798 (  ibid.  , t. V, p. 301).
Il tribunale civile era composto di sette giudici tra i quali era scelto a turno un presidente, nonché i due giudici del tribunale criminale, più i sostituti e i giudici delle eventuali sezioni (ve ne furono nei dipartimenti del Crostolo e dell’Adda ed Oglio); giudicava in prima istanza sulle cause superiori alle 8 mila lire, e in appello sulle sentenze dei giudici di pace, degli arbitri, e dei tribunali di commercio; non vi era un tribunale d’appello come istituto a sé stante, ma le sentenze del tribunale civile erano appellabili presso il tribunale civile di uno dei tre dipartimenti più vicini, secondo la tabella allegata alla citata legge 15 fruttidoro a. VI/1 sett. 1798 (cfr. artt. 218 e 219 della costituzione cisalpina).
Al vertice dell’organizzazione giudiziaria vi era poi il tribunale di Cassazione di Milano.