A seguito delle riforme effettuate con  l. 29 ott. 1991, n. 358  , che detta nuove norme per la ristrutturazione del Ministero delle finanze, e del successivo regolamento di attuazione approvato con  d.p.r. 27 mar. 1992, n. 287  , che riorganizza gli uffici e il personale, vengono soppresse le Conservatorie dei registri immobiliari e le loro funzioni passano all’Ufficio del territorio, con circoscrizione provinciale.
Al posto delle precedenti direzioni generali, salvo quella degli affari generali e del personale, subentrano il Dipartimento delle dogane, il Dipartimento delle entrate e il Dipartimento del territorio. Organi periferici del Dipartimento del territorio (che comprende anche il demanio) sono le Direzioni compartimentali del territorio e gli Uffici del territorio, con giurisdizione provinciale: le Direzioni compartimentali hanno funzioni di programmazione, coordinamento, indirizzo e controllo sull’attività degli Uffici del territorio in cui vengono unificate le attribuzioni già demandate agli Uffici tecnici erariali, alle Conservatorie dei registri immobiliari e, in materia di amministrazione e gestione del demanio e del patrimonio immobiliare, alle Intendenze di finanza. Gli Uffici del territorio hanno compiti di consulenza tecnica ed estimativa, di accertamento, verifica e rilievo in materia catastale e geotopografica, di amministrazione e gestione delle proprietà immobiliari dello Stato nonché di trascrizione e di costituzione dei diritti reali sugli immobili. Dal 1996 (  decreto direttoriale 5 apr. 1996, n. 8/434  , e  d.m. 21 dic. 1996, n. 700  , art. 6) le funzioni delle Conservatorie dei registri immobiliari, provinciali e sub provinciali, fanno parte del Reparto II, poi Settore servizi all’utenza. Non vengono accorpati ai nuovi Uffici del territorio gli Uffici del registro che vengono, invece, inclusi nel Dipartimento delle entrate, pur trattando, sia pure dal solo punto di vista fiscale (imposizioni sulla registrazione degli atti civili, giudiziari e successioni), la stessa materia immobiliare di conservatoria e catasto. Sotto il profilo della tutela civilistica dei diritti e della pubblicità del sistema giuridico-economico (transazioni immobiliari, mutui, esecuzioni immobiliari, fallimenti, pignoramenti, domande giudiziali, sequestri conservativi e decreti ingiuntivi) viene meno la figura del conservatore così come si era venuta consolidando nel corso di oltre un secolo.

A seguito della legge 59/1997 (legge Bassanini), viene emanato il  d.lgs. 30 lug. 1999, n. 300  , che riforma l’organizzazione del governo: il Ministero delle finanze diventa Ministero dell’economia e delle finanze. Vengono introdotte, in luogo dei dipartimento, quattro Agenzie fiscali, delle dogane, delle entrate, del territorio e del demanio, enti pubblici non economici. Sono strutture che svolgono attività di carattere tecnico-operativo di interesse nazionale. Hanno piena autonomia nei limiti stabiliti dalla legge e sono sottoposte al controllo della Corte dei conti. Sono anche sottoposte ai poteri di indirizzo e di vigilanza del ministro. L’art. 8 del decreto definisce l’ordinamento delle Agenzie.
Le funzioni del Dipartimento del territorio, con lo scorporo del demanio, passano pertanto all’Agenzia del demanio e all’Agenzia del territorio. L’Agenzia del territorio è competente a svolgere i servizi relativi al catasto, geotopocartografici e quelli relativi alle Conservatorie dei registri immobiliari, con il compito di costituire l’anagrafe dei beni immobiliari esistenti sul territorio nazionale e sviluppando l’integrazione fra i sistemi informativi attinenti alla funzione fiscale e alle trascrizioni ed iscrizioni in materia di diritti sugli immobili. L’Agenzia opera in stretta collaborazione con gli enti locali per favorire lo sviluppo di un sistema integrato di conoscenze sul territorio. E’ l’organismo tecnico di cui all’art. 67 del  d.lgs. 31 mar. 1998, n. 112  , e, con apposite convenzioni stipulate con i comuni e con le province, può gestire i servizi relativi alla tenuta e all’aggiornamento del catasto. L’Agenzia gestisce l’osservatorio del mercato immobiliare.
Gli Uffici unici del territorio diventano Uffici provinciali dell’Agenzia del territorio (operativi dal 2001) e le funzioni delle Conservatorie dei registri immobiliari vengono ora a far parte dei Servizi di pubblicità immobiliare, a livello provinciale, o Sezioni staccate con competenza limitata alla conservazione dei registri immobiliari, in città sede di tribunale (in base all’art. 42, comma 6 del decreto 287/1992).
Con  l. 27 feb. 1985, n. 52  , era stata introdotta la meccanizzazione delle procedure ipotecarie che ha comportato alcune modifiche al libro VI del codice civile, ulteriormente modificate nel 1996 con d.l. 20 giugno, n. 323, in ordine alle modalità di gestione e conservazione dei registri immobiliari da parte delle Conservatorie e degli Uffici misti del registro e conservatorie dei registri immobiliari e alle relative certificazioni. Con  d.m. 19 apr. 1994, n. 701  , è ammesso l’invio telematico di atti per gli aggiornamenti della banca dati del catasto dagli studi dei notai all’Ufficio del territorio. Seguono nel 2000 altri provvedimenti finché, sulla base della legge finanziaria del 2005, è stato emanato il  decreto direttoriale dell’Agenzia del territorio del 22 mar. 2005  che ha dettato i termini graduali, le modalità tecniche e le condizioni per la presentazione del modello unico informatico di aggiornamento degli atti catastali, cui è seguita l’attivazione delle procedure telematiche. Con  d.l. 10 gen. 2006, n. 2  , convertito in  l. 11 mar. 2006, n. 81  , si stabilisce all’art. 1 la trasmissione telematica di tutti gli atti necessari per arrivare all’unificazione definitiva degli adempimenti di registrazione, trascrizione e voltura in materia immobiliare.
In una fase di radicale trasformazione nella forma di documenti così rilevanti per la gestione dei diritti sui beni immobiliari, la riorganizzazione dell’amministrazione delle finanze ha posto alcuni delicati problemi sia in ordine alla separazione tra la funzione di pubblicità immobiliare e la funzione fiscale, gravante sugli stessi beni, affidata all’Ufficio del registro, le cui competenze, come già rilevato, sono state assegnate all’Agenzia delle entrate, sia in ordine alla figura del conservatore dei registri immobiliari.
La figura del conservatore viene incorporata nella persona del dirigente dell’Ufficio del territorio. Si è posta, pertanto, la questione della compatibilità della figura del gerente, come delineata nell’art. 34 della  l. 25 giu. 1943, n. 540  , con il nuovo assetto organizzativo e funzionale dei nuovi uffici unici, essendo subito emersa una criticità dovuta sia alla formazione di massima tecnica e non giuridica del direttore dell’Ufficio del territorio, ora conservatore dei registri immobiliari di diritto, sia per l’oggettiva difficoltà di garantire una costante presenza presso il servizio di pubblicità immobiliare, risultando spesso i locali delle ex-Conservatorie ubicati in luogo diverso rispetto alla sede dell’Ufficio del territorio, che ha circoscrizione provinciale e non collegata alle sedi circondariali dei tribunali.
La figura del gerente, che garantiva la continuità delle funzioni di conservatoria e delle connesse responsabilità patrimoniali (mutate, tuttavia, nel 1983), in caso di impedimento o assenza ingiustificata del conservatore, non è risultata compatibile nell’ambito del nuovo ordinamento istituzionale. In assenza di una figura alternativa al conservatore, ora direttore dell’Ufficio del territorio, è stata di fatto introdotta una figura ibrida di vicario-gerente, attivata con  decreto direttoriale del 5 apr. 1996, n. 8/434  , in cui si ribadisce che il conservatore è il direttore dell’Ufficio del territorio. Si è cercato di ovviare alle carenze riscontrabili nel nuovo assetto del Servizio di pubblicità immobiliare con la  circolare del 17 lug. 2003, n. 7  , dell’Agenzia del territorio che, utilizzando l’istituto della delega di funzioni dirigenziali di cui all’art. 17, comma 1 bis (aggiunto dalla  l. 15 lug. 2002, n. 145  ) della  l. 30 marzo 2001, n. 165  , delega le funzioni di conservatore proprie del direttore provinciale ad altro funzionario che verrebbe a svolgere le funzioni sostitutive del conservatore in conformità a quanto previsto dall’art. 34 della legge 540/1943.