Savona fu libero comune fino all'annessione alla repubblica di Genova nel 1528, quando fu sottratto sostanzialmente alla città ogni potere politico e militare. L'ordinamento comunale non subì però, di massima, modifiche formali: la nomina del podestà, in luogo degli anziani, venne riservata al governo genovese; furono creati alcuni nuovi uffici per le gabelle. Per il resto le magistrature cittadine conservarono le loro attribuzioni fino al 1797, comprese quelle in materia giudiziaria, civile e criminale. Solo nel 1605, con l'istituzione in Savona di un governatore, furono riservati a questo magistrato i giudizi d'appello per i reati passibili di pena capitale