L'apparato militare attraverso propri organi provvedeva alla amministrazione della giustizia limitatamente ai reati militari. Nell'età di Emanuele Filiberto si ha notizia di un auditore generale di guerra con compiti di giustizia militare [ Duboin, t. III, parte II, vol. IV, pp. 876 e seguenti] La magistratura permase nei secoli successivi fino allo Stato unitario. Funzionarono inoltre fin dall'epoca di Emanuele Filiberto tribunali collegiali, che in seguito presero il nome di consigli di guerra [ Ibid., p. 916, nota 1] allo stesso corpo di milizia dell'imputato, abilitati a giudicare reati lievi contro la disciplina nonché il reato di diserzione. Sotto la stessa denominazione di consigli di guerra venivano indicate anche le delegazioni create di volta in volta dal sovrano, con autorità più o meno estesa, per giudicare delitti particolari commessi da militari