Cessate le guerre del primo Cinquecento, la necessità di incrementare la produzione cerealicola data la spinta demografica, l'opportunità di non dipendere dai rifornimenti dell'Italia meridionale e dei territori turchi, l'esigenza di accrescere le entrate dell'erario, oltre alla tendenza dei capitali privati a volgersi dal commercio marittimo all'investimento terriero, furono tra i motivi che spinsero alla messa a coltura delle campagne incolte, aride o paludose. A tale innovazione contrastava però il timore che le bonifiche potessero arrecare danno alla laguna con gli scoli di acque dolci e rappresentassero una minaccia di imbonimento nelle sue zone marginali. La lunga polemica si riassume nei nomi di Alvise Cornaro e di Cristoforo Sabbadino. Negli anni Quaranta del secolo il proposito di bonificare la zona del Foresto nella bassa padovana determinò momenti di forte tensione tra consiglio di dieci e senato (10 mar. 1541, consiglio di dieci; 9 ag. 1543, senato: istituzione di due provveditori; 13 ag. 1543, consiglio di dieci; 27 febbr. 1542, senato: istituzione dl due provveditori per la bonifica dell'adiacente valle di Santa Giustina). Dopo un primo tentativo nel 1541 (29 sett., senato, parte rimasta pendente), fallito per l'opposizione del magistrato alle acque, provveditori " sopra li luochi inculti ", con prevalente funzione di informazione e di studio, furono istituiti nel 1545 (19 sett., senato) ed ancora nel 1549 (29 lu., senato), questi ultimi con riguardo all'irrigazione nel Trevigiano. In forma definitiva i provveditori sopra beni inculti ebbero origine nel 1556 (10 ott., senato) e furono resi stabili nel 1558 (16 ag., senato; 21 ag., maggior consiglio). Essi erano competenti in materia di bonifica e di irrigazione; controllavano i consorzi, obbligatori o volontari, di proprietari interessati i; concedevano e rinnovavano le investiture d'acqua per irrigazione o per uso industriale nei territori fino al Mincio, dove tutte le acque erano " di ragion del Dominio " [ Al di là del Mincio, nella Lombardia veneta, le acque potevano essere invece di privata ragione e liberamente negoziabili] , tenendone i catastici; estendevano talune competenze all'Istria, Dalmazia, Stato da mar; avevano giurisdizione civile, con appello ai savi del corpo del senato (4 mag. 1562, senato), e penale. Furono occasionalmente affiancati da provveditori straordinari per problemi specifici. Dal 1768 (1 ott., senato) vennero eletti al loro interno due deputati all'agricoltura, con incarico di studiare perfezionamenti tecnici per migliorare la produzione sia agricola che di carne bovina, in armonia con il progresso scientifico, e di stimolare le accademie agrarie che sorgevano in ogni città in risposta all'invito del senato (10 sett. 1768), sull'esempio di quella di Udine (1762). I deputati erano inoltre in relazione con la cattedra di agraria, istituita a Padova nel 1761 (2 mag., senato) e affidata nel 1765 (30 mag., senato) a Pietro Arduino, e con la scuola di veterinaria (9 sett. 1773, senato) da essi promossa presso lo studio. Nel 1780 (4 mar., senato) i provveditori furono integrati da un aggiunto per il retratto (bonifica) delle Valli Veronesi, che operava di concerto con i Provveditori all'Adige ed era interessato anche a questioni confinarie con Mantova (vedi Provveditori all'Adige e Aggiunto al magistrato sopra beni inculti deputato al retratto delle Valli Veronesi ).