Il prefetto o presidente degli archivi era preposto a tutti gli archivi notarili dello Stato, riorganizzati o istituiti da Sisto V con la costituzione Sollicitudo pastoralis officii del 1° ag. 1588. Il prefetto degli archivi era un chierico di Camera, dapprima estratto a sorte annualmente (bando del camerlengo, 12 sett. 1588, art. 18). Il 31 ott. 1588, con la costituzione Sollicitudo ministerii pastoralis, Sisto V creò la carica di reggente degli archivi, carica che fu acquistata da Fabio Orsini, referendario di segnatura, ma ben presto soppressa, nel giugno 1591, da Gregorio XIV il quale confermò, a partire dal 1592, la norma della nomina annuale, per estrazione a sorte, di un chierico di Camera quale prefetto (per lo scorcio del 1591 gli archivi furono affidati al decano della Camera). Dal 1722 il prefetto degli archivi fu nominato dal sovrano a tempo indeterminato (bando di Innocenzo XII del 21 ag. 1721); nel 1748, con bando del camerlengo del 1° giugno, fu emanato un vero e proprio regolamento sugli archivi notarili. Nel 1822 la prefettura fu sostituita dalla presidenza degli archivi