Dopo l'entrata delle truppe austro-russe avvenuta il 30 giugno 1799, il nome di amministrazione centrale fu mutato in reggenza provvisoria. A partire dal 12 agosto successivo [ Serie degli editti, bandi e leggi promulgati in Bologna dopo il felice ingresso delle regie truppe di S.M.I.A. seguito il giorno 30 giugno 1799, Bologna, Sassi, t. II, p. 65.] venne completamente modificata la sua composizione numerica e fu concentrata in essa tutto il potere politico ed amministrativo precedentemente esercitato da autorità periferiche o municipali