Il ministro delle finanze fu nominato durante la prima Repubblica Cisalpina nel giugno 1797; le attribuzioni del ministero furono definite con legge 13 pratile a. VI (1 giu. 1798). Venne soppresso alla fine dell’aprile 1799 a seguito dell’entrata delle armate austro-russe in Milano.
Benché non previsto esplicitamente dalla Costituzione di Lione dove si parlava di un ministro del Tesoro, il ministero delle Finanze venne istituito e organizzato sulla base dei decreti del 7 e 18 marzo e del 28 aprile 1802 con un decreto del Vice-presidente della Repubblica in data 25 maggio 1802 (  Bollettino repubblica italiana  ; 1802, n. 33, artt. 44 e ss.). Il 29 maggio veniva pubblicato il decreto di Napoleone con il quale in data 20 aprile 1802 veniva nominato ministro delle Finanze Giuseppe Prina (  ibid.  , n. 34, pp. 99-100).
Aveva il compito dell’esazione delle Imposte dirette (il cui ammontare spettava al Ministero dell’Interno) e indirette e dei redditi dei Beni Nazionali.
Con la sua costituzione vennero soppressi la  Direzione Centrale di Finanza  di Bologna, la  Delegazione del Tesoro  di Imola e la  Revisione  di Mantova.
Il ministero delle Finanze aveva una Segreteria generale, un Ispettorato delle imposte dirette, una Direzione delle imposte indirette, un Ufficio per le relazioni coll’Economato generale dei Beni Nazionale e una Ragioneria Centrale; successivamente fu organizzato in  cinque divisioni  : 1. Imposte dirette, catasto, cancellieri del censo; 2. Imposte indirette e privative; 3. Economato generale dei beni ed ipoteche, 4. Contabilità generale del ministero e delle amministrazioni generali; 5. Depositi Pubblici. Dopo la costituzione del Regno d’Italia vennero aggregati al Ministero delle Finanze vari uffici finanziari prima autonomi o dipendenti da altri ministeri e uffici; tra questi la  Direzione generale delle dogane  (decreto 28 giugno 1805) retta da un direttore generale e composta di tre funzionari, i primi due con competenza sui dipartimenti posti alla sinistra e alla destra del Po, il terzo con competenza su tutto il Regno in materia di grani (  Bollettino regno d’Italia  , 1805, n. 64, p. 347); la  Direzione Generale delle privative  : Sali, tabacchi, polveri e dazi di consumo (d. 28 giugno 1805 e d. 27 marzo 1807:  Bollettino regno d’Italia  , 1805, n. 65;  Bollettino regno d’Italia  , 1807, n. 66); l’  Amministrazione del Demanio e dei diritti uniti  (d. 28 giugno 1805 in  Bollettino regno d’Italia  , 1805, n. 66, p. 349) composta di un direttore generale e tre funzionari, il primo dei quali aveva competenza sui beni nazionali, il secondo sulle tasse di registro e la vigilanza sui conservatori del Registro nei capoluoghi di Dipartimento e sugli uffici del Registro nei Comuni; infine  La Direzione generale della Zecca, delle poste e del lotto  (d. 28 giugno 1805, in  Bollettino regno d’Italia  , 1805, decreti nn. 68, 69 e 70, pp. 351-353). Con il decreto 28 giugno 1805 n. 69 vennero istituite due zecche, una a Milano e una a Bologna; l’amministrazione della zecca venne riordinata con decreto 24 maggio 1806 (  Bollettino regno d’Italia  , 1806, n. 93), con il quale veniva creato un terzo ufficio della zecca a Venezia. Dipendeva infine dal ministero delle Finanze la  Direzione Generale del Censo  (d. 28 giugno 1805, in  Bollettino regno d’Italia  ,1805, n. 67, p. 350), che nel 1807 prenderà la denominazione di  Direzione generale delle imposizioni dirette  (  Bollettino regno d’Italia  , d. 27 aprile 1807, n. 66).