Istituito nel 1407 da Guido Antonio da Montefeltro, l'archivio notarile venne riformato nel 1526 dal duca Francesco Maria I della Rovere e nel 1550 dal duca Guidubaldo II.
Con la devoluzione del ducato alla Santa Sede nel 1631 furono emanate nuove disposizioni, mentre altre norme furono dettate dai vari legati nel 1636 [ cfr. Capitoli dell'archivio della città di Urbino, Urbino 1636; Bando del cardinale Barberini legato sopra l'erezione degli archivi ed il governo di essi, ivi 1636 ] nel 1655 [ cfr. Editto concernente la forma con la quale devono regolarsi i notarii nel mettere gl'istrumenti in protocollo, Pesaro 1655 ] nel 1661 e nel 1749 [ cfr. Capitoli dell'archivio della città di Urbino, stabiliti da S. E. rev. ma mons. Gianfrancesco Stoppani, arcivescovo di Corinto e presidente dello Stato di Urbino, Urbino 1749 ] Decretato archivio centrale dopo il motuproprio 31 mag. 1822 [ Raccolta Stato pontificio, 1831-1833, IV, App., p. 182 ] l'11 giugno 1830 vi fu concentrato il materiale di Castelnuovo, unito fino ad allora a quello di Macerata Feltria. con r. d. 29 giu. 1879, n. 4949 fu dichiarato distrettuale; successivamente divenne sussidiario e con d. m. 1 sett. 1959 ne fu disposta la cessazione e la trasformazione in mandamentale